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本研究应用截线抽样法、样带法结合定点观察的方式，于2006年6月～2010年1月对洞庭湖及邻近的湘江、草尾河和长江部分水域的长江江豚(Neophocaenaphocaenoides asiaeorientalis)进行了8次种群生态学考察，考察时间完全覆盖了水文四季。主要考察内容有种群数量及变动趋势、分布型式、迁移规律和栖息地选择机制等。考察航程平均为306.5±121.4km，动物目击事件平均为57.9±21.6次，目击率平均为0.2±0.2次/km。在截线抽样法中，考察船覆盖面积平均为126±72km2，截线长度平均为221.9±14.1km。主要结果如下：
一、综合截线抽样法及样带法的结果，洞庭湖及邻近水域(不包括长江段)长江江豚的种群数量平均为198±57头(范围为145～283)(约占该亚种2006年整个种群数量的10.8％)，95%置信区间平均为93±39～423±107头，种群大小CV平均为42.12±7.22%。在整个考察期间，长江江豚的种群数量呈下降趋势，该水域的长江江豚很可能会在未来6年左右出现区域性灭绝，成为目前该亚种在长江中下游干流、鄱阳湖和洞庭湖三个分布水域中最先灭绝的种群。
二、无论在哪个水文季节，长江江豚都主要分布在鲶鱼口至洞庭湖大桥的东洞庭湖，其次是鲶鱼口至漉湖农场的草尾河水域以及鲶鱼口至屈原管理区的湘江水域，从而形成了一个以鲶鱼口为中心、以5km为半径的三叉状重点分布区；本研究在南洞庭湖仅有3次目击记录，而在西洞庭湖及资、沅、澧三大支流中则没有目击记录。综合历史资料可见，洞庭湖及邻近水域长江江豚的生存空间总体上处于萎缩状态，它们的活动范围已经被限制在以鲶鱼口为中心的一片狭小的水域，只有在丰水季节才会经草尾河向南洞庭湖发起小规模迁移，以拓展生存空间。在分布区域受到压缩的情况下，本水域长江江豚更容易遭受灭绝。
三、在2006年9月～2009年6月的6次共12天的定点观察中发现，在洞庭湖大桥靠近湖区处：2006年9月发现动物3次3头次(其中1头游过大桥)，2006年12月发现动物10次16头次(无一游过大桥)，2007年6月发现动物2次2头次(其中1头游过大桥)。其余3次定点观察皆无动物目击记录。在洞庭湖大桥至三江口间约5km的水域，动物目击记录仅有2次，分别发生在2006年12月(包含1个个体)及2007年6月(包含6个个体)。可见，洞庭湖大桥至三江口间水域作为长江江豚江-湖迁移通道的功能已经受到极大削弱，这更可能加大其灭绝风险。
四、长江江豚对不同的水深具有显著的选择偏好，主要在小于15m的水深范围内活动(尤其是小于10m范围内)；随着季节的变化，对不同水深的选择有显著性差异。长江江豚主要选择透明度为20～50cm的水域以及主要分布在离岸400m以内的区域。长江江豚对不同类型栖息地具有显著的选择偏好，泥质岸(草洲)是其主要活动区域，其次分别为河流湖泊交汇处、浅滩、江心洲和开阔水域；随着季节的变化，显示出显著的栖息地类型选择偏好，丰水季节在开阔水域和江心洲出现的比例要比其它三个水文季节高。在不同的栖息地类型中，泥质岸(草洲)是长江江豚发生捕食、巡游和抚幼行为活动的主要区域，河流湖泊溪流交汇处和江心洲则是长江江豚捕食、抚幼行为的主要发生区域。航运和渔业活动对长江江豚的栖息地选择产生的影响最为显著，污染次之。长江江豚发生捕食行为时，周边更多地伴随有渔业活动：在发生巡游或抚幼行为时，周边分别显著地伴随有更多的航运和渔业活动。由上述结果可见，长江江豚有明显的栖息地选择偏好，其驱动因素主要是食物(捕食)需求：由于长江江豚经常活动的近岸水域的人为活动最为频繁，因此它们的生存处境也异常艰难。
综合以上研究结果可见，导致洞庭湖及邻近水域长江江豚的生存处境日渐艰难的原因在于该水域高强度的人类活动，包括：渔业资源的过度利用及有害渔具的盛行、挖沙以及相关的航运活动的加剧、空气和水体受到严重污染以及围湖造田和水产养殖等。人类活动所造成的另一个问题是动物的江-湖迁移通道受阻。在上述因素的作用下，洞庭湖及邻近水域长江江豚的灭绝风险加大，保护工作已经变得刻不容缓。