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宁夏是全国优质粳稻生态区，具有独特的粳稻种质资源。本研究针对宁夏各育种单位育成的新品种(系)和外地引进的品种（系）共60份粳稻种质资源进行表型性状和SSR分子标记遗传多样性分析，以期为宁夏粳稻种质资源遗传多样性研究和水稻杂交亲本选配提供理论依据。
表型性状遗传多样性分析表明：供试的60份宁夏粳稻种质资源材料17项表型性状均存在极显著的遗传差异，遗传变异系数变幅为3.77～22.36%，单穗粒重、每穗总粒数、每穗实粒数、有效穗数、着粒密度等性状具有较大的遗传变异；表型性状间遗传相关分析表明，17个表型性状间存在着正显著、负显著、正极显著、负极显著等相关关系，表明不同种质资源材料性状间存在着复杂的相互关系；17个表型性状的Nei’s遗传多样性指数（H）变幅为0.699～0.858，平均为0.821，香农多样性指数（I）在1.405～2.054之间，平均为1.900，其中，穗长、千粒重、收获指数等性状遗传多样性较高，剑叶宽的遗传多样性最低；供试的成对种质资源材料的遗传距离（GD值）的变幅为0.023～0.522，平均0.194，单个种质资源材料的平均GD值变幅为0.092～0.294，平均为0.124。
SSR分子标记多态性分析表明：103对SSR引物在60份种质资源材料间表现多态性的有58对，多态性位点百分数为56.3%；58对SSR引物共扩增出212条多态性条带，等位变异范围为2～9个，平均每对引物3.7个；多态性信息含量（PIC）变幅为0.032～0.788，平均0.403；高多态性位点主要发生在3号、6号和11号染色体上，而无多态性或低多态性位点主要发生1号和10号染色体上；成对种质资源材料的遗传相似系数（GS值）变幅为0.642～0.958，平均0.790，单个种质资源材料的平均GS值变幅为0.710～0.816，平均0.781。
供试种质资源材料聚类分析结果表明：宁夏粳稻种质资源材料大部分被聚在一类中，表明这些种质资源材料的亲缘关系较近，遗传基础狭窄；而来源不同的材料也被聚在一起，材料间的遗传差异与其来源地间的关系不明显；表型性状聚类结果和SSR分子标记聚类结果存在一定差异，表型分析聚在一起的资源材料，在SSR标记分析中又可划分为不同的类别，并且直接反映DNA链上的差异，表明利用分子标记进行种质资源遗传多样性研究更加可靠，提供的信息量更大。