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随着全球竞争的日趋激烈，研发活动对企业的生存以及其整体竞争能力的提高越来越重要;尤其对于中小型企业，研发活动愈来愈成为企业可持续发展战略的核心。为适应瞬息万变的外部需求，企业对研发的投入比重也越来越高。虽然目前学术界对R&D投入产出效率的研究颇多，但鉴于R&D的特性，能够全面、系统地分析评价企业R&D绩效水平的文献仍然很少。
本文选取深市中小企业板2009-2011年连续三年披露研发费用相关信息的100家制造业上市公司作为研究样本，综合运用平衡计分卡、数据包络分析(DEA)方法以及面板数据模型，对中小企业R&D投入的绩效水平进行实证研究。
本文分为六个部分:第一部分为绪论，介绍本文的研究背景、研究意义、研究方法和技术路径以及主要创新点。第二部分为理论与文献回顾，界定企业R&D相关概念和理论，对国内外企业R&D投入绩效评价的相关文献进行综述。第三部分基于平衡计分卡的思想，初步建立企业内部R&D投入绩效评价指标体系，并利用SPSS软件对指标进行简单相关性分析。第四部分利用多阶段DEA模型以及Malmquist指数，分别对企业R&D投入的绩效进行静态与动态分析。第五部分基于面板数据模型，分析中小企业各项R&D投入指标对绩效指标的影响程度，弥补了DEA模型无法体现各项指标之间内在因果关系的缺陷。第六部分为研究结论、不足及后续研究方向。
通过实证分析，我国制造业中小企业目前R&D投入的整体绩效水平还比较低，并且技术效率变动速度低于技术变动速度。单从纯技术角度考虑，虽然R&D投入的纯技术效率逐年提高，但其提高的平均速度却在下降。上述研究说明，我国中小企业在企业R&D投入的绩效方面尚有不足，仍需要继续努力。另外，R&D人员在企业R&D活动中扮演了相当重要的角色，是企业保持核心竞争力，实现可持续发展的关键。