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下呼吸道感染是临床上最常见的疾病之一，严重威胁人类的健康。因此，若想有效控制下呼吸道感染疾病的发生，快速而准确地检测下呼吸道中致病菌是关键的技术基础之一。传统的细菌培养方法及生化鉴定，操作繁琐，且需要数天才能得到结果。免疫学方法和探针杂交技术也存在特异性或敏感性的问题。常规PCR一次只能检出有限的几种致病菌，对下呼吸道中分离的未知菌，或有多种细菌污染的样品则显得无从下手。
为了实现对下呼吸道致病菌的快速检测与鉴定，预防下呼吸道感染疾病的发生，我们运用寡核苷酸芯片技术建立了对常见的八种下呼吸道致病菌进行检测的方法，检测的目的菌株是铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、嗜肺军团菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌。我们利用在细菌分类学上具有重要意义的16S rRNA和16S-23S rRNA间区，以及一些已被验证过较为成熟的特异基因作为检测靶基因，并在其间设计探针，建立一套下呼吸道致病菌的基因芯片快速检测技术。不同细菌的16S rRNA具有序列一致的恒定区和序列不同的可变区，恒定区和可变区交错排列。这样，我们在恒定区设计PCR引物，在可变区设计检测探针；而特异基因作为靶基因时，我们选择其种内保守性与种内特异性最高的区域进行引物和探针设计，用多对引物(共分两组)在同一反应条件中，可以将全部待检致病菌的相应基因片段扩增出来，再用每种细菌的特异性探针阵列与标记的靶片段进行杂交反应，杂交后用专用设备读取分析荧光信号，可以定性和半定量地检出致病菌。通过杂交结果可以看出设计的探针特异性强，并且相对于传统的方法操作简单、用时少，稳定性、重复性都非常好。
上述实验结果表明运用寡核苷酸芯片技术所建立的检测方法准确、可靠、实用性强，是检测下呼吸道常见致病菌技术的一次飞跃，并且可一次实验操作同时检测多种下呼吸道致病菌。本文所建立的检测方法为今后在下呼吸道致病菌检测、鉴定领域开展进一步的研究和更人规模的使用奠定了可靠的理论与技术基础。