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我国幅员辽阔，地大物博，拥有非常丰富的家禽遗传资源。为了进一步了解中国家鸡遗传资源的遗传结构及遗传联系，本研究采集了来自中国不同地区的78个地方鸡种，通过微卫星标记及部分品种mtDNA控制区的序列变异，对中国地方鸡种的遗传多样性进行了分析。 (1) 遗传多样性检测方法的优化：以往的银染方法步骤较为繁琐，所用时间也较长，约0.5～2小时。本文在以往银染的技术之上，进行了较大的改进，将步骤简化至三步，所用时间可以降至20分钟以下，在不影响银染敏感度的基础上，使银染效率大大提高。将扩增产物在变性与非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)上进行电泳，经银染，表明微卫星产物在二者上的电泳结果有明显的差异。在非变性聚丙烯酰胺凝胶中，表现为有较多的非特异带，而在变性胶中微卫星扩增产物条带清晰，易于鉴定。 (2) 本研究采集了78个分布在我国各地的主要鸡地方品种的血样，利用27个微卫星标记，进行DNA多态性测定，统计分析。对等位基因频率进行Hardy-Weinberg平衡检验，分别计算遗传杂合度，并估计有效等位基因数，采用奈氏遗传距离法计算各个品种间的遗传距离。在此基础上，采用UPGMA及NJ法构建系统发生树，估算了分化时间。结果表明，中国地方鸡种具有较高的多态性，平均杂合度(H)为0.622，多态信息含量(PIC)均值为0.573。系统聚类结果与中国地方鸡种的地理分布基本一致，并可以将中国的地方鸡种分为六大类(西北型、华南型、西南Ⅰ型、西南Ⅱ型、华东型、华中型)。在充分了解了中国地方鸡种的遗传结构和联系后，可以为保护、开发、利用宝贵的家鸡遗传资源提供有益帮助。 (3) 斗鸡作为表型很特殊的品种，其培育历史、背景和作用都与其他家鸡品种不相同。目前中国主要有5个斗鸡品种，分别是位于新疆的吐鲁番斗鸡、位于山东的鲁西斗鸡、河南斗鸡、位于福建的漳州斗鸡和位于云南的西双版纳斗鸡。本研究采集了这五个地方品种的血样，每个品种取7-8个个体，对线粒体DNA的D-loop区域进行测序(大约560bp)。利用所测的39条序列，通过两种统计方法，分析了这五个斗鸡品种的遗传关系，通过遗传关系建立了两个系统发育树。结果表明中国斗鸡的遗传关系与它们的地理位置有密切的关系，来源于国外(泰国、缅甸等)的漳州斗鸡，与其它的地方鸡种(斗鸡和其它鸡品种)有明显的不同。从结果中还可以得出，中国斗鸡具有国外和国内两种起源，但其共同的祖先仍是公认的红色原鸡。