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十字花科黑腐病菌（Xanthomonas campestris pv. campestris, Xcc）是引起多种重要的十字花科作物（如白菜、甘蓝、花椰菜、萝卜、芥菜、油菜等）黑腐病的病原菌。Xcc能感染模式植物拟南芥,是研究植物病原细菌与寄主植物相互作用机理的模式菌之一。此外,Xcc还是重要的工业原料,黄原胶的产生菌。由于Xcc在农业和工业上的重要性,它的分子生物学研究越来越受到人们重视。目前,已经有3个Xcc菌株（ATCC33913、8004和B100）的全基因组序列被测定。Xcc8004全基因组编码蛋白基因序列占84.79%,基因间隔区序列（Intergenic Regions, IGR）占15.21%。目前,研究IGR的功能已经成为功能基因学研究领域的热点之一。最近的研究也发现,没有基因注释的区域一基因间隔区也有转录活性并且具有重要的功能。本研究关注的问题是：Xcc8004基因组中两个最重要的致病调控基因hrpX和hrpG间隔区是否有转录活性和生物学功能。在XccS004基因组中,hrpX（基因ID号：XC3076）与hrpG（基因ID号：XC3077）紧密相邻,但转录方向相反（hrpX是负链编码,hrpG是正链编码）；两个基因的起始密码子间相隔823bp。5’-Race结果显示,hrpX和hrpG的转录起始位点分别位于各自的起始密码子前79bp和129bp处。启动子分析结果显示,hrpX转录起始位点前68bp是hrpX的核心启动子区,hrpG转录起始位点前70bp是hrpG的核心启动子区。因此,hrpX和hrpG间功能未知的区域有476bp,我们把它定义为hrpX和hrpG真正的间隔区,命名为IGRhrpXG。我们课题组之前的RNA测序（RNA-seq）结果显示,无论是在基本培养基还是在丰富培养基的对数生长期,均能够检测到来自IGRhrpXG的转录子,预示IGRhrpXG是有转录活性的。为了进一步确证IGRhrpXG的转录活性,我们用RT-PCR方法检测。RT-PCR结果显示,用多对不同的引物均能扩增出来自IGRhrpXG的特异RT-PCR产物,证明IGRhrpXG确实是转录的。我们试图采用链特异RT-PCR方法确定来自IGRhrpXG的转录子数量、大小和转录方向,但没有成功。为了鉴定IGRhrpXG的生物学功能,保留hrpX和hrpG的核心启动子区缺失掉Xcc8004的IGRhrpXG全长476bp片段,构建的缺失突变体8004ΔIGR476hrpX-G致病力显著下降和不能诱导“非寄主植物上”发生过敏性（HR）反应。半定量RT-PCR显示8004⊿IGR476hrpX-G hrpX和hrpG基因转录水平严重降低,说明8004⊿GR476hrpX-G的致病力显著下降和HR反应丧失是由于hrpX和hrpG基因转录水平严重降低造成的。构建了缺失突变体8004⊿IGR476hrpX-G两个反式功能互补菌8004ΔIGR476hrpX-G/pL6-476和8004⊿IGR476hrpX-G/pL6-828,不能补回致病力和HR反应。猜测hrpX和hrpG的核心启动子不足够它们正常转录。构建⊿hrpG的hrpG基因片段（包含hrpG核心启动子区）反式功能互补菌⊿hrpG/pL6-70hrpG及互补菌8004⊿IGR476hrpX-G/pL6-70hrpG,表型分析显示都能补回致病力和HR反应。半定量RT-PCR结果显示8004⊿IGR476hrpX-G/pL6-70hrpG的hrpX和hrpG基因转录水平恢复正常。证明476bp片段的缺失,保留hrpX和hrpG的核心启动子区足够它们正常转录。为了检验476bp片段的作用。将476bp片段置换回到8004ΔIGR476hrpX-G的hrpX-hrpG基因间隔区,构建了互补菌8004ΔIGR476hrpX-G/476,476bp两边多出两个Xba I酶切位点。表型分析结果显示都能补回致病力和HR反应。8004⊿IGR476hrpX-G/476的hrpG的转录水平有一定程度的提高,HrpG浓度增加,足够激活hrpX转录,hrpX转录恢复到正常水平。推测IGRhrpXG是有功能的,可能包含有属于hrpG核心启动子外的上游元件或上游调控序列,通过对hrpG的转录影响,调控hrpX的转录,从而调控hrp基因簇下游基因。调控转录机制还有待进一步研究。