论文部分内容阅读
根据NCBI数据库相关信息,我们设计了特异引物,从野生夏葡萄叶片克隆了PR3和PR5基因。利用公共数据库数据,采用生物信息学的理论和方法,对获得的野生夏葡萄病程相关蛋白基因进行了较全面的性质分析。为后续的功能研究提供理论基础,也为利用生物信息学方法深入研究功能基因提供新的思路。本文主要研究结果如下:1.根据数据库信息,成功克隆出野生夏葡萄PR3和PR5基因。2.采用生物信息学方法进行信号肽分析,结果表明,PR3很可能是具有信号肽的分泌型蛋白,而PR5具有信号肽的可能性很小。3.运用生物信息学的方法和工具对野生夏葡萄PR3和PR5基因的核苷酸和氨基酸序列进行分析;并对它们的疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质二级结构、三级结构和功能结构域进行预测和分析。这些预测和分析结果表明:野生夏葡萄PR3的功能域是chitinase,PR5的功能域是thaumatin。4.NCBI上的电子表达谱分析表明野生夏葡萄PR3和PR5可能在葡萄多种器官中表达,但不同的PR基因在不同的组织中表达强弱不同。5.用PlantCARE分析野生夏葡萄PR3和PR5基因的启动子,发现它们具有启动子的基本元件TATA-box、CAAT-box,并含有真菌诱导元件Box-W1及与防御和胁迫相关的作用元件TC-rich repeats,还包含与水杨酸相关的作用元件TGA-element,与脱落酸相关的作用元件ABRE,与茉莉酸甲酯相关的作用元件CGTCA-motif和TGACG-motif等很多顺式作用元件。这些顺式作用元件的存在,表明PR3和PR5基因的表达可能受到不良环境和植物激素的诱导和调节。