【摘 要】
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宏基因组学能够在未知领域揭露出大量的不能培养的微生物。由于其极其广泛的应用领域,高保真的宏基因组模拟系统在帮助工具开发和制定宏基因组项目上都有很大的需求。然而,目
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宏基因组学能够在未知领域揭露出大量的不能培养的微生物。由于其极其广泛的应用领域,高保真的宏基因组模拟系统在帮助工具开发和制定宏基因组项目上都有很大的需求。然而,目前存在的系统都只能模拟一些过于简化的宏基因组。 在此,我们提出一个新的宏基因组模拟系统:NeSSM(Next-generationSequencing Simulatot for Metagenomics)。通过结合目前完整的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组。为了加快该系统的运行时间,在此我们运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效的缩短了程序运行所需的时间。通过这个系统,一个特定项目的最佳的宏基因组分析策略可以根据用户提供的测序平台、目标宏基因组的复杂度和该宏基因组的目标产生。目前,NeSSM支持sarnger、454和IIIumina的测序平台。NeSSM可以帮助开发和提高一些相关宏基因组学的应用工具的性能。 软件下载地址:hhttp://cbb.sjtu.edu.cn/~ccwei/pub/software/NeSSM.php.
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