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生态补偿机制是一种新型的资源环境管理模式，包括了环境管理、公共政策、公共经济等领域的内容，将生态环境视为具有外部性的公共产品，制定相应的补偿机制以激励环境保护行为，并增加排污者的生产经营成本。在一个封闭的流域系统内，有效地实施生态补偿可以调节一系列相关联地区在污染环境与生态保护方面的利益分配，使产生生态环境负外部性的地区受到惩罚、产生生态环境正外部性的地区受到激励，进而引导地方政府自觉实施污染治理措施、约束生态破坏行为。当前，各级政府建立和实施生态补偿政策的政治愿望和需求日益迫切，本论文以北京地区实施流域生态补偿为研究对象，在梳理分析现有生态补偿相关理论和政策的基础上，充分借鉴其他国家和地区的经验教训，综合考虑北京地区社会经济发展和生态环境条件等方面的特点，针对生态补偿实施过程中已出现或将要出现的问题，提出对策建议，特别是在实施过程的监管和补偿结果的使用等方面突出“非政府组织”的作用，进而形成有地方特色的生态补偿机制。