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生态系统健康是20世纪末提出的新概念，是生态学和环境管理方面一个正在发展的综合性研究领域。湖泊生态系统健康包含两个方面的内涵：满足人类社会合理要求的能力和生态系统自我维持与更新的能力。由于人口增加和工农业生产的发展，湖泊承受的外部压力逐年增加，生态系统日益退化，并产生严重的环境问题。特别是富营养化问题，是我国湖泊目前普遍遇到的环境问题，严重威胁到社会经济的可持续发展和人们身体健康。
论文针对大型浅水湖泊太湖的富营养化和藻类水华等生态环境问题，采用表征湖泊生态系统健康的系统能(Ex)、系统能结构(Exst)和生态缓冲容量(|β(TP)(phy)|)指标，以及湖泊营养状态指数(TSI)和生物多样性指数(DI)对太湖不同时期不同湖区生态系统的健康状况进行评价和分析比较。营养状态指数评价的结果和系统能量指标评价的结果较为相似，但浮游植物生物多样性指数评价的结果与系统能量指标和营养状态指数评价的结果有一定的差异。只把浮游植物和浮游动物看作湖泊的主要物种来评价，所得到的Ex和Exst值是一个相对的指标，所做的评价是不完全评价。对富营养化浅水湖泊而言，如果Ex较小，Exst和|β(TP)(phy)|较大，表明湖泊处于健康的状态。太湖不同湖区不同时期生态系统健康状况存在显著差异，以季为时间尺度的评价结果能较好的反映太湖生态系统健康状况的变化特征。1998～2001年太湖各湖区健康状况由好到差的相对顺序为：东太湖＞贡湖和湖心＞梅梁湾＞五里湖。在此基础上，给出了浅水湖泊生态系统健康分级的指标阈值。
基于2002～2003年四次的野外调查资料，以湖泊生态系统中碎屑、浮游植物、浮游动物、底栖动物和大型水生植物为太湖的主要物种进行了系统能(Ex)和系统能结构(Exst)值的计算，并以系统能、系统能结构、生态缓冲容量和营养状态指数等指标开展了各测点的生态系统健康聚类分析。结果表明太湖生态系统健康状况为，东部湖区较好，西部湖区较差，且呈现由东南部湖区向西北部湖区递减的趋势。同时仅将浮游植物和浮游动物看作湖泊的主要物种来评价，聚类分析结果相似。