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本文通过研究北黄海、南黄海和长江口附近海域表层沉积物中甲藻孢囊的空间分布特征，为了解该海域甲藻孢囊群落结构、揭示甲藻孢囊对特定人类活动的指示意义提供数据支持。此外，本研究还分析了有毒有害甲藻孢囊的分布特征，为预防甲藻赤潮爆发提供参考。 2009年到2012年，采集了北黄海海域32个站点、南黄海和长江口海域85个站点的表层沉积物样品。研究结果显示，在北黄海32个站点共发现31种甲藻孢囊，隶属13属，其中自养型甲藻孢囊15种，异养型甲藻孢囊14种，包含两个未定种。在南黄海和长江口海域85个站点共发现45种甲藻孢囊，隶属16属，还有两个未定种，其中自养型孢囊18种，异养型孢囊27种。本研究还发现3种产YTX(Yessotoxin)毒素甲藻的孢囊和3种产麻痹性贝类毒素(PSP)的孢囊，且均有广泛分布，尤其是亚历山大藻孢囊。 北黄海表层沉积物中的孢囊总丰度在不同站点之间差异较大，介于489～9158cysts/gDW之间，平均值为2306cysts/gDW，分布趋势是中部海域大于近岸海域;南黄海及长江口海域各站点表层沉积物中的孢囊丰度介于15～3815cysts/gDW之间，差异也比较大，平均值为592cysts/gDW，总体分布趋势为北部海域多于南部海域，高值区出现在122°E～124°E，34°N～38°N之间的区域。另外，在北黄海主要有三大孢囊类群，在地域分布上分别对应北黄海中部海域、沿岸海域和B29、B30所在的外海海域。在南黄海和长江口海域，孢囊群落结构可分为对应长江口附近海域和南黄海沿岸海域、中心海域(23、24、26、27、41、42、43)、中心以外海域、其他个别站点等的几大类孢囊群落。其中，南黄海中部海域和北黄海孢囊丰度显著高于南黄海沿岸和长江口海域的，南黄海沿岸和长江口海域则是异养型孢囊相对较多。 结合以往研究发现，在我国主要海域，北黄海和南黄海的孢囊丰度要高于其他海域，且亚历山大藻孢囊分布较为广泛，且优势种分布呈现从北向南先是膝沟藻和亚历山大藻孢囊、后原多甲藻孢囊、再是膝沟藻孢囊的大体趋势。在黄海和长江口海域甲藻孢囊与环境因子的关系的研究结果表明:甲藻孢囊通常在在沉积物颗粒较细尤其是泥质-粉砂质的海底具有高丰度的分布，这可能与甲藻孢囊与泥质-粉砂质颗粒物具有相似的大小和密度有关;黄海和长江口海域孢囊分布与海流有密切的关系:南北黄海中心海域高丰度的甲藻孢囊可能是环海暖流带来的高生物量和粉砂质的海底沉积环境造成;黄东海近岸水体中无机氮相对过剩环境条件可能是导致南黄海沿岸和长口海域低竞争力的异养型甲藻种类和数量的增加的原因。 指示种甲藻孢囊的分布规律可以反映浮游植物信息和海区的污染状况，已有孢囊富营养化指示种分布特征表明长江口海域富营养化较为严重。另外，本研究还发现其他几种潜在的富营养化孢囊指示种（窄形扁甲藻Pyrophacusstenii、美利坚原多甲藻Protoperidinium.americanum、长形原多甲藻Protoperidinium.oblongum、原多甲藻Protoperidinium.pentagonum、窄角原多甲藻Protoperidinium.claudicans、里昂原多甲藻Protoperidinium.leonis、长膝沟藻Gonyaulaxelongate）和海流指示种（膝沟藻Spiniferitesbentorivar.truncata、具刺膝沟藻Spiniferiteshyperacanthus），待日后研究参考使用。