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高校的组织特性决定了学术权力和行政权力的客观存在，二者的冲突与协调构成了高校中权力运动的主要内容。正确处理好学术权力与行政权力的关系，既是高等教育的一个重要理论问题，又是一个非常有现实意义的实践问题。在知识经济的时代背景下，在高等教育大发展的历史进程中，大学已经从社会的边缘走到了社会的中心，高校内部管理体制正发生着十分重要的变化，传统的行政管理模式已经受到巨大的挑战。加快构建协调发展的我国高校内部权力关系模式，已经成为事关大学未来发展全局急需解决的重大问题。本篇论文在界定高校学术权力与行政权力概念、借鉴国外高校内部权力关系模式的经验、分析我国高校内部权力关系现状的基础上，进一步阐明了构建我国高校内部和谐权力关系模式的重要意义和主要依据。针对我国研究型、教学研究型和教学型高校的不同特点，分别构建了与之相对应的学术权力主导型权力模式、学术权力与行政权力均衡型权力模式和行政权力主导型权力模式，提出了落实高校办学自主权，减少外部行政干预；建立权力仲裁机构，完善权力监督机制；修改相关法律法规，完善权力行使的法律依据；发挥校长的协调作用，营造良好的学术氛围等四条构建高校内部和谐关系模式的共同途径，并根据不同类型高校特点，提出在研究型高校建立董事会制度，重构党委和行政机构体系，构建面向科学问题的柔性化矩阵结构；在教学研究型高校健全学术组织机构，完善学术制度建设，构建扁平化的事业部制结构；在教学型高校加强规范管理，增强行政服务效能，构建刚性化的科层结构，从而达到推进我国高等教育、高等学校健康、快速、有序发展的目的。