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水稻是全球近一半人口的主要粮食作物，在生产过程中会受到各种生物和非生物逆境的胁迫，影响水稻的产量。印度梨形孢(Piriformospora indica)是分离自印度塔尔沙漠的根部内生真菌，它寄主范围广泛，对寄主植物表现出多种有益作用，如促进生长，提高对生物及非生物胁迫的抗性。本文采用纳升液相色谱和超高分辨质谱联用技术及生物信息学分析，对根部接有印度梨形孢（处理组）和未接印度梨形孢（对照组）的水稻根、根结和地上部的总蛋白进行了研究。结果表明: 1.处理组三个部位分别鉴定出1621种、1901种和2008种蛋白，对照组三个部位分别鉴定出989种、1619种和1971种蛋白。 2.以上三个部位蛋白质表达差异超过2倍的蛋白质分别有252种、239种和232种;超过4倍的蛋白质分别有53种、51种和44种;超过8倍的蛋白质分别有14种、14种和20种。 3.对三个部位差异超过2倍的蛋白质进行生物过程聚类分析，我们发现这些蛋白参与不同的生物过程，包括、光合作用、碳水化合物代谢、氨基酸/蛋白质代谢、防御相关、物质运输与能量代谢、脂质代谢等。研究发现差异表达的蛋白主要存在于蛋白质/氨基酸代谢、防御相关途径与物质运输与能量代谢途径。其中蛋白质/氨基酸代谢相关的蛋白质分别占三个部位总差异蛋白的40％、53％和39％;防御相关蛋白质占三个部位总差异蛋白的21％、9％和8％;物质运输和能量代谢途径相关蛋白质占三个部位总差异蛋白的占10％、19％和12％。