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植物内生菌是指在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官内部的真菌或细菌，它们长期生活在植物体内的特殊环境中并与宿主协同进化。一方面植物体为其提供生长必需的能量和营养；另一方面，内生菌又可通过自身的代谢产物或借助于信号传导作用对植物体产生影响。由于植物内生菌有着重要的生态和生理作用，所以它是潜在的生防资源和外源基因载体。同时，人们还发现植物内生菌能产生一些结构新颖、功能独特的天然产物，具有极高的应用价值。相对于植物而言，植物内生菌具有繁殖快，培养方便等特点，更利于工业化的生产应用，在农业和医药领域中有着巨大的应用潜力，因而受到了人们的广泛关注，已逐渐成为国内外研究的热点。
其中，对分离出来的植物内生菌进行鉴定是人们研究和利用它们的过程中的重要一环。然而真菌的系统分类却一直面临着特殊的挑战，因为它几乎不存在化石，形态上又非常简单。减数分裂菌有性过程中产生的结构被认为有特定的分类学价值，但当不同的评价标准互不协调时，常常难以确定哪个是主要的。有丝分裂菌中的问题则更大，许多种类被从形态上简单的就便划分类群，也许与它们真正的系统进化关系并不一致。分子生物学技术、电镜技术、蛋白质技术等现代技术的加入，为解决这些问题，促使真菌分类更趋向于自然化提供了有力的帮助。
本文从江苏宝华山和盐城采集的6株新鲜植物爵床(Rostellulariaprocumbens(Linn．)Nees)、掐不齐(Lespedesa virgata (Thunb．)DC)、碱茅(Puccinelliasp．)、红花酢浆草(Oxalis rubra)、竹叶菊(Aster tripalium)、小飞蓬(Comnyzacanadensis(L．)Cronq．)中共分离得到83株内生真菌，初步分类后发现这些内生真菌具有明显的多样性。选取掐不齐的内生真菌进行了抗病原菌活性测试，发现有活性菌株的比例为82.4％，可见内生真菌的确是发现新的活性物质的潜在资源。由于实验室需要，我们必须对真菌进行快速、有效的鉴定，为此，本文进行了方法学方面的探索，以DNA指纹法和传统形态学观察相结合的方法，并辅以化学分类法对已经分离得到新结构化合物的12株内生真菌(并非来源于上文所述的83株菌)进行了快速分类，鉴定为8属10种。