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羊肚菌(morel)隶属子囊菌门Ascomycota、盘菌纲Pezizomycetes、盘菌目Pezizales、羊肚菌科Morchellaceae、羊肚菌属Morchella数种菌的总称。羊肚菌是世界公认的名贵食(药)用真菌。由于营养价值高，口感鲜嫩，羊肚菌在美食家中享有盛誉，从而使羊肚菌成为国际上最重要的贸易真菌。目前商业化栽培尚处于研发阶段，市场上的商品几乎全部来自野生;生境散失、生境片段化，加上不合理采集及过度采集，使野生资源逐年减少，市场上供不应求，价格逐年上涨。人工栽培是满足市场需求，保护野生资源的最佳途径，而目前的研究结果显示，羊肚菌属不同种在生物学特性上有一定差异，在人工栽培时需要采取不同的方法，正确理解和鉴定物种对实现羊肚菌的人工栽培具有重要的理论及实践意义。然而，由于羊肚菌属近缘种间存在广泛杂交、子实体形态常表现出极高的多态性，且存在种间过渡状况，从而使其分类一直存在较大争议，种的划分十分混乱。ITS序列分析是目前真菌属内种间系统发育分析使用最多的手段，但在羊肚菌属中，ITS序列正经历快速进化，重复序列较多，直接用ITS序列来作系统发育分析，其结果并不能正确反映类群间的系统发育关系。本论文将在前人工作基础上深入比较研究国产羊肚菌属菌物ITS序列进化规律，评价ITS序列在羊肚菌属系统发育分析及种类鉴定上的价值，并为羊肚菌属的资源保护、利用和人工栽培研究积累必要的基础性资料。 本研究应用了ITS序列信息对羊肚菌属进行分子的鉴定，并为羊肚菌的系统发育研究提供证据。将11种34个羊肚菌试样的ITS序列进行测定，以及四个相关属[钟菌属(Verpa)和鹿花菌属(Gyromita)]的ITS序列作为外类群。将测定到羊肚菌ITS序列和外类群ITS序列，采用最大简约法(maximum pasimonymethod，MP)和邻接法(neighbor-joining method，NJ)进行羊肚菌属种间的ITS序列的差异分析，并构建分子系统树，探讨羊肚菌属及其相关属的系统发育关系。 主要研究结论如下: 1.将所有试样ITS序列与下载的羊肚菌ITS序列进行比对且构建系统发育树，研究结果表明了羊肚菌属分为两支，分别是黑羊肚菌支和黄羊肚菌支;其中羊肚菌、肋脉羊肚菌、褐赭色羊肚菌、薄棱羊肚菌、粗腿羊肚菌、小羊肚菌以及圆顶羊肚菌属于黄羊肚菌类群;高羊肚菌、黑脉羊肚菌、尖顶羊肚菌以及过渡种组归为黑羊肚菌类群; 2.羊肚菌属种间与种内的ITS序列长度与变异位点比较结果表明，羊肚菌属ITS1序列长度变异很大，ITS2序列较为保守，5.8S序列最为保守，这说明了ITS序列能够提供更多的遗传信息。 3.羊肚菌ITS序列的变异位点比较结果表明，种内的变异位点多于种间变异位点;ITS1序列的主要变异是碱基的插入和缺失;ITS2序列的主要变异是碱基置换。 4.基于所有的试样的ITS序列构建的系统发育树分析结果表明，羊肚菌属为一个单系类群，且划分为黄羊肚菌类群和黑羊肚菌类群，甚至存在种内遗传距离大于种间遗传距离的现象。另外，样本的遗传关系与地理分布存在着显著的联系。 5.基于所有样本的保守序列构建的系统发育树分析结果表明，在遗传关系中，羊肚菌属与钟菌属的遗传关系是相近的，并且受到空间分布的影响较小。 6.基于ITS1序列构建的系统发育树分析结果表明，羊肚菌属不是一个单系类群，在遗传关系上，黄羊肚菌类群与黑羊肚菌类群分开，独立形成两支;另外，羊肚菌属种间及其相关属的遗传关系与地理分布存在密切的关系。