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制药产业是关乎国计民生的重要产业部门，中国制药产业经过数十年发展，已经形成了较强的生产能力，但同时也面临技术创新能力较差、市场秩序混乱、自然资源过度消耗等困境。随着中国全面加入WTO，尚不足够强大的中国制药产业面临着严峻的国际竞争形势，要想迎头赶上，政府的产业政策支持不可或缺。同时，经济体制改革、国有企业制度改革和医疗卫生制度改革等因素也对制药产业的发展有着直接的影响，这些变数都在政府的掌控之中。因此，制药产业是深受政策影响的产业部门，研究制药产业政策有着重要的现实意义。
本文通过分析中国制药产业发展的历程与现状，归纳出该产业技术落后和制度变迁两个主要特征，依托这两个特征对现行制药产业政策进行了有侧重的系统研究，在此基础上针对其缺陷提出了完善建议。
全文的结构建立在BCP范式之上。BCP范式是对经典的产业组织分析方法SCP范式的运用和拓展。其中B代表产业政策背景(Background)，C代表产业政策行为(Conduct)，P代表产业政策效果(Performance)。产业政策背景包括：①产业的特殊经济属性和发展现状；②相关产业部门之间的关联效应；③既有产业政策措施的时滞效应；④相关政策措施的影响作用。产业政策行为包括：①产业技术政策措施及企业反馈；②产业组织政策措施及企业反馈(含部分产业内结构调整政策、产业布局政策)；③其它政策措施及企业反馈。产业政策绩效则可以通过本文针对制药产业特征设定的双重指标——经济目标和社会目标的实现程度来衡量。
在本文的核心章节中，第三章是对中国制药产业政策背景的分析，内容包括制药产业的特殊经济属性、中国制药产业发展的历程与现状、医院等相关产业部门的影响、中国既有制药产业政策措施的时滞效应、医疗体制改革等相关政策措施的影响作用等。第四章和第五章分别对现行中国制药产业技术政策和中国制药产业组织政策进行了具体分析。研究发现，当前中国制药产业政策存在的核心问题是缺少政府政策部门和产业界的有效对话机制。这一缺陷在产业技术政策方面的负面影响是：政府技术推进政策与企业技术发展需求的脱节，企业研究发展行为与市场实际需求的脱节，其中后者又被前者强化。在产业组织政策方面的负面影响是：中国制药产业组织政策执行过程中普遍存在隐性博弈行为，这些行为导致了现实中的市场行为扭曲和市场结构混乱。
第六章和第七章围绕制药产业政策在经济目标和社会目标两个方面的实现程度，从前文对现行政策缺陷的分析出发，提出了本文作者关于完善制药产业政策的补充建议。在这些补充建议中，特别设计了为中国制药产业发展争取时间和空间的产业保护模型、遏制制药企业违规倾向的双边博弈模型、以及针对用药安全事故频发的药品安全保证模型，进一步夯实了部分产业政策措施的理论基础和实施这些措施的现实依据。