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第一部分:胃肠间质瘤预后分子标志物的筛选研究背景:胃肠间质瘤是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤,全世界发病率约为10-20/100万,绝大部分肿瘤存在驱动基因KIT或PDGFRα突变,手术切除是其主要的治疗方式,术后依据复发风险的高低决定是否给予酪氨酸激酶抑制剂（TKI）的辅助治疗。当前评估肿瘤复发风险的系统主要有NIH系统、AFIP系统和AJCC系统,以及列线图、热点图等方法,主要基于肿瘤部位、肿瘤大小以及核分裂象计数等参数,但标准不一,且未纳入驱动基因突变类型或分子标志物。此外,核分裂象计数受病理医师主观影响较大,以核分裂象来判定危险分层存在不合理之处。近期真实世界数据显示胃与小肠来源的肿瘤预后无明显差异,亦提示现有评估系统的效能存在不足。因此,探究影响肿瘤预后的生物标志物具有良好的应用前景。研究目的:筛选影响胃肠间质瘤预后的相关分子标志物,提高肿瘤复发风险评估的准确性,指导临床治疗策略。研究方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库获取胃肠间质瘤数据集GSE20708,共22个病例数据（局部肿瘤11例,初始远处转移肿瘤5例,肿瘤疾病状态未知6例）,利用R语言（version 3.5.1）“GEOquery”包“get GEO”函数从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库获取GSE20708数据文件,根据其微阵列平台（[HG-U133Plus2]Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array）获取探针注释包“hgu133plus2”。采用R语言（version 3.5.1）程辑包annotate（version 1.60.0）将探针ID号注释到基因符号,对于多个探针对应一个基因情况,取四分位距最大探针代表该基因表达值。利用limma软件包（version 3.22.7）分析局部病灶组（n=11）与初始远处转移组（n=5）间差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,Benjamini-Hochberg进行多重校正,取校正后P<0.05作为差异表达基因。利用reactome（version 1.66.0）包对DEGs基因进行功能注释。研究结果:局部病灶组和远处转移组间共有37个差异表达基因（校正后P<0.05）。其中转移组相对于未转移组有14个基因表达上调（37.8%）,23个基因表达下调（62.2%）。结论:胃肠间质瘤转移组与未转移组之间存在显著差异表达基因,主要涉及参与高尔基体和内质网转运、细胞外基质粘附、脂代谢以及TGF-β受体通路信号转导等生物学功能。第二部分:LDLRAD4在胃肠间质瘤中的表达情况及对预后影响研究研究背景:低密度脂蛋白受体A家族结构域4（LDLRAD4）作为TGF-β信号通路的负性调控因子,可能在细胞增殖、分化、凋亡、运动、细胞外基质生成和免疫抑制等方面发挥作用。在规范的TGF-β通路中,ZFYVE9/SARA将细胞内信号传感器和转录调制器SMAD2和SMAD3招募到TGF-β受体。在受体SMAD2和SMAD3的磷酸化作用下,SMAD2和SMAD3与SMAD4形成异聚体复合物,并转移到细胞核中调节转录。LDLRAD4通过与SMAD2和SMAD3相互作用,可能与ZFYVE9和SMAD4竞争,阻止细胞内信号的传播。已有研究证实,LDLRAD4在肝癌、乳腺癌、胃癌、结肠癌等细胞系中存在高表达,发挥促进肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭的功能。在Hep G2肝癌细胞中,敲除LDLRAD4可抑制裸鼠成瘤。鉴于LDLRAD4基因参与调控有丝分裂的重要作用,而且其功能已在相关实体肿瘤细胞系中得到证实,同时数据库分析显示,该基因在转移性胃肠间质瘤中表达较高,可能发挥癌基因的作用,将其作为候选基因进一步研究鉴定。研究目的:探讨胃肠间质瘤组织中LDLRAD4 mRNA、蛋白表达情况及对预后的影响。研究方法:实时荧光定量RT-PCR检测LDLRAD4 mRNA表达,免疫组化检测LDLRAD4蛋白表达。研究结果:92例胃肠间质瘤患者中,LDLRAD4 mRNA表达水平中位值为0.01280（IQR:0.00311-0.04582）,其表达水平与患者的年龄、性别、肿瘤部位、肿瘤最大径、核分裂象计数和改良NIH分级均无显著相关性。以LDLRAD4 mRNA表达值中位数作为截断值,将患者分为低表达组与高表达组,低表达组和高表达组3年无复发生存率分别为97.7%和76.70%（Log rank P=0.024）。多因素回归分析发现,患者无复发生存期（RFS）与肿瘤部位、肿瘤最大径、LDLRAD4 mRNA表达水平相关。以肿瘤部位、肿瘤最大径、LDLRAD4mRNA表达水平构建的复发风险评分（RRS）是胃肠间质瘤RFS的唯一独立预后因素。肿瘤组织中LDLRAD4蛋白存在显著差异表达,但其蛋白表达水平与肿瘤临床病理特征无明显相关性。时间依赖性ROC曲线显示复发风险评分在术后1年、2年的预测效能优于改良NIH分级,但在3年、5年的预测效能上无显著差异。结论:胃肠间质瘤组织中LDLRAD4 mRNA表达水平越高,术后无复发生存时间越短。肿瘤最大径、肿瘤部位、LDLRAD4 mRNA表达水平是原发可切除胃肠间质瘤预后的影响因素。基于三者构建的复发风险模型对术后2年患者的预后具有较好的预测价值。