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本论文的研究以公立医院的补偿机制为基础，通过分析现行补偿机制中存在的政府总投入量不足、补偿方式扭曲、补偿渠道单一、补偿范围不明确和补偿结构不合理等问题，对现行公立医院的补偿机制作出简要的评价。认为现行公立医院的补偿机制是造成老百姓“看病难、看病贵”现象出现的根源。在政府补偿不足的前提下，以项目为基础的收费方式，使得医院存在动机试图通过多提供服务数量的行为扩大医疗收入来弥补医疗成本。同时由于缺乏有效的绩效考核机制，医院通过药品加成收入来弥补医疗成本的行为也没有得到有效监督。
在分析了各国医疗体制和补偿方法的基础上，提出了渐进式的改革方案。通过设计补偿总量的计算方法、不同的分配系数计算方法，我们力求帮助政府找出具有可操作性的补偿方案，使政府对改革的成本、改革需投入的总量等做到心中有数。
以往学者们对补偿机制的研究多停留在理论层面，缺少通过选用医院真实的经营数据分析补偿方案可操作性的研究。本文的特点就在于运用趋势分析、结构分析等方法，对公立医院的运营机制做数字化的描述，并基于此设计总量测算模型。在分配系数的设定中，综合考虑了业务量和效率，并对这两个维度的16个指标进行不同组合，形成三种分配方案。运用统计学方法对不同的方案作出评估。
结论是如果试图在短期缓解“看病难、看病贵”的问题，必须从补偿机制入手。通过设计不同的补偿方案，综合考虑医院的经营绩效和工作量，使医院的经营朝节约成本、提高质量和效率的方向前进，不断改变目前“以药养医”的状况。同时政府作为出资方，对需要投入的总量也要进行有效的测算与管理，防止总量投入过量使下级医院无心提高管理和运营效率；总量投入不足使下级医院仍存在创收的压力，老百姓看病的负担也无从减轻，改革的目标无法达到。