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红树林区内部的鱼类具有巨大生物量和极高的多样性。红树林对鱼类的吸引力，一般上认为来自于三个假设：①红树林的结构多相性对它们有特别吸引力；②红树林复杂的结构可以降低幼鱼的被捕食率；③红树林比其它栖息地为幼鱼提供更为充足的食物。
但是，目前关于红树林鱼类的研究中存在两个问题：
一：由于红树林内空间狭小，不适宜大型网具、大范围内的调查采样。因此，研究者多选择在红树林的林缘和其附近的潮沟进行调查采样，缺乏红树林林区内部内部鱼类的研究；二：红树林鱼类的食性研究主要是采用传统的胃含物分析法，而这种方法不能准确检测出红树林的初级生产对于鱼类的营养重要性，也不能检测出红树林鱼类营养的最初来源。
从2004年3月到2006年3月，对海南东寨港红树林区内部鱼类在林内外分布的季节动态及其食物来源进行了调查和研究。以3、6、9、12月分别代表春、夏、秋、冬四季，每季调查一次，每次以一个潮水周期(15天)为调查周期，用蜈蚣网在林内(M)、潮沟(C)和林外光滩(B)三个区域布网采样。
鱼类群落在东寨港显示出良好的时空分布格局。SPSS统计分析显示红树林林区内部内部的鱼类生物量、种类多样性和个体丰富度，时空变化明显。通过Cluster可以很好的聚类成四个类型：第一个类型(Sep.2004M，Sep.2005M，Jun.2004M，Jun.2005C，Jun.2005M)属于林区内部；第二个类型(Mar.2005B，Mar.2005C，Mar。2006C，Mar.2006B，Dec.2005B，Dec.2005C，Mar.2004B，Mar.2004C)属于干季的光滩和潮沟；第三个类群(Dec.2004C，Dec.2004B，Sep.2004C，Sep.2005C，Sep.2004B，Sep.2005B)和第四个类群(Jun.2004B，Jun.2005B)属于湿季的光滩和潮沟。
调查中发现海南东寨港红树林保护区鱼类具有极高的生物多样性和丰富度。共捕获鱼53248尾，发现海南东寨港红树林区内部鱼类115种，隶属于15目51科。
其中鲈形目有25科64种，占总种数的55.67％，呈绝对优势。在科中，鰕虎鱼科种类最为多样，有17种，远多于其他各科。
鱼类的δ13C(-18.48‰±3.00)值更接近于藻类的δ 13C(-16.95％±0.28)值，而不是红树的值(-28.44‰±1.73)。因此，藻类等其他非红树植物的初级生产才是鱼类的主要营养来源。我们认为，红树林生态系统中藻类等容易被获得和消化而且具有巨大生产力的初级生产者的竞争性掩盖作用，是红树林区内部鱼类不以红树初级生产为主要食物的主要原因。能量标签技术检测出的，是消费者不同营养来源的相对比例，而不是数量上的绝对值。因此，它与传统的认为红树的初级生产支撑了巨大的海岸水域次级生产观点不是冲突而是补充关系。推测红树初级生产应该最终还是被鱼类等水生生物所完全利用。
在整个港湾，只有四种捕食性鱼类，青斑细棘鰕虎鱼(Acentrogobius viridipunctatus)、乌塘鳢(Bostrichthys sinensis)、短吻栉鰕虎鱼(Ctenogobius brevirostris)和杂食豆齿鳗(Pisoodonophis boro)出现，而且数量不多。因此，可以认为红树林为鱼类提供了良好的庇护所。
平均种类多样性、个体丰富度和生物量的季节和地点变化明显。湿季这三个值在光滩最高，平均分别分别为(20，1147±613，9125±4120g)，明显高于干季平均分别为(16，224±150，2419±1260g)；在湿季林内的值分别为(10，567±122，2558±764g)，明显低于林外光滩和潮沟(13，707±567，、3384±2257g)的值。平均每次采到的鱼类总种类数，不同地点中潮沟具有最大值37种(湿季)，而红树林内具有最小值17种(湿季)。因此，红树林林区内部内部对鱼类的吸引要弱于潮沟和光滩。
稳定同位素13C、15N示踪技术在研究鱼类与红树林的营养关系方面具比其他研究方法具有更直接更有说服力的优势。但在某些细节方面尚不成熟，需要进一步完善。
通过采用蜈蚣网在林内、林外采样进行比较研究后，我们认为红树林对鱼类的确具有强烈的吸引力，是鱼类良好的庇护所。红树林为鱼类提供丰富食物的观点，需要进一步的探讨。红树林的存在为鱼类提供了多样化的小生境，利于不同种类的鱼类对生境的选择。但是红树林对鱼类的吸引，在于作为一个整体(红树林林区内部潮沟和附近光滩泥滩)，而不是红树林林区内部本身。原因可能在于红树林林区内部被海水浸淹的时间不足。因此，保护红树林不能仅仅局限与保护林区内部的树木。林区内部附近的潮沟和滩涂才是保护的重点。