论文部分内容阅读
目的:利用TCGA和GEO数据库分析miR-193b-3p和miR-196b-5p在急性髓系白血病(AML)非M3发病机制中的作用。方法1.首先利用在线数据库GEO下载GSE10358,GSE30285,GSE37642芯片数据,利用R包获得共同差异表达的基因(DEGs),并对DEGs进行GO功能富集分析,KEGG通路富集分析和PPI蛋白质互作分2.然后利用在线数据库TCGA获得169个AML非M3样本的miRNA表达矩阵。用R软件包DEseq2获得差异miRNA并通过在线预测网站预测差异miRNA的靶基因,并进行GO功能富集分析,KEGG通路富集分析和PPI蛋白质互作分析;3.最后利用R软件包Venny获取差异miRNA靶基因与三个GSE基因芯片共同差异基因的交集基因,并构建miRNA-gene调控网络,选择P值较小和以交集基因为靶基因的差异miRNA进行后续分析,研究差异miRNA在非M3型AML中的发病机制。结果:1.从GEO数据库中获得GSE10358,GSE30285,GSE37642的微阵列数据,使用p<0.05和logFC的绝对值>1作为截止标准,我们从中分别提取了340,503,324个差异表达基因,综合生物信息学分析,共鉴定出95个共同差异表达的基因,包括56个上调基因和39个下调基因。GEO差异基因本体分析(GO分析)在生物过程组中,上调基因主要富集于免疫应答,抗原处理、MHC II类呈递肽或多糖抗原过程,防御反应,损伤反应,下调基因主要富集在血液凝固,蛋白水解,免疫应答,细胞活动。在分子功能组中,上调基因主要富集在MHC蛋白结合。在细胞成分组中,上调基因主要富集于细胞质膜,细胞质膜外侧,下调基因在细胞成分组中无基因;KEGG通路富集分析上调基因主要富集于细胞粘附分子(CAMs),免疫信号系统,病毒性心肌炎,抗原呈递和处理,下调基因主要富集于止血,补体和凝血级联。2.从TCGA数据库中获得186个样本分成两组非M3和M3,样本个数分别为169和17个。使用R软件包DEseq2进行差异分析共得到前体miRNA:538个,按照P<0.05和两倍差异的miRNA共得到上调miRNA77个,下调miRNA61个。差异miRNA靶基因进行本体分析(GO分析)显示靶基因主要参与转录调节、转录因子活性、DNA连接、调节RNA代谢过程、转录调控DNA过程、氮化合物代谢过程、高分子生物合成过程、基因表达等多种与肿瘤相关的生物学过程和分子功能;在KEGG通路富集分析中,靶基因显著富集于癌症通路、WNT信号通路、整合信号通路、ErbB信号通路、Ras信号通路、NGF信号通路、MAPK信号通路、急性髓系白血病和慢性粒细胞白血病等信号通路。结论:(一)上调的miR-193b-3p通过靶向LACM1基因,在非M3中发挥抑癌因子作用。(二)(1)下调的miR-196b-5p通过靶向PTPRG基因和RAS通路可促进AML的发生;(2)通过靶向基因PBX3和激活MAPK信号途径诱导癌基因发挥作用;(3)通过靶向基因PBX和HOX的相互作用发挥致癌因子的作用。