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以已转入抗虫BT基因和抗稻瘟病基因Pi9的杂交稻亲本：Bpi9、C60、C461、C384、C659、R207、M86、9311、双价M86、科丰6号、160以及杂交组合Ⅱ优838等为实验材料。通过对转基因材料分子检测、田间抗性鉴定、及农艺性状的考查得出了如下结果： 1．对103株分子标记植株的DNA PCR分析，筛选出22株含有Pi9基因阳性单株。 2．对50株转BT基因植株PCR分析和利用BT基因检测试纸进行蛋白质检测，被检测植株的基因组不仅含有BT基因，而且BT基因能够正常表达。 3．对5个株Pi9基因和BT基因的聚合材料进行分子检测，BT基因存在于基因组中，而Pi9基因在三个株系中出现丢失，在2个株系中能够稳定遗传。 4．对分子标记抗稻瘟病植株进行稻瘟病田间抗性鉴定，基因组中含有Pi9基因的植株能够产生对稻瘟病的抗性，但有一株材料，在分子检测中能够检测到Pi9基因，在田间抗性鉴定时却感病，可能是基因未能正常表达。 5．对转入BT基因株系抗虫鉴定，所有转基因植株对二化螟和稻纵卷叶螟都具有抗性，二化螟的危害率下降80％～100％，纵卷叶螟危害率下降21.6％～96.75％。 6．农艺性状考查表明，Pi9分子标记和转BT基因都使9311的单株产量比对照增加，但是MH86单株产量却下降，其它农艺性状也有不同程度的下降，两个材料的生育期没有变化。以Pi9分子标记和转BT基因得到的亲本配置的杂交组合，其综合农艺性状均较对照强。 7．从外源基因在水稻抗性和农艺性状的影响分析，外源基因能够使水稻产生对病虫害的抗性，其抗性级别受其它的因素的调控。外源基因对农艺性状影响与外源基因和水稻品种有关。