运用bPPI-seq筛选出的H2A.Z相互作用蛋白Osr1的功能及机制研究

来源 :第三军医大学 中国人民解放军陆军军医大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yu8937
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组蛋白H2A的变异体H2A.Z是染色质的开放和转录的起始的重要表观遗传学标志。H2A.Z在染色质上的沉积和剔除是由SWR蛋白复合物和伴侣蛋白Anp32e参与完成的。但是,H2A.Z如何作用到基因组上的特定目的位点及如何与下游蛋白结合的作用机制还很不清楚。有研究报道H2A.Z可以与Foxa2转录因子协同作用来调控核小体的构象及基因的转录活化,这说明H2A.Z可能通过一些基因序列特异性结合的蛋白分子共同作用到的染色质上的靶点来行使其表观遗传学调控的功能。为了研究这一机制,很多研究都进行了H2A.Z相互作用蛋白的鉴定工作,这些研究主要是运用了免疫共沉淀结合质谱检测的方法,其中部分研究也揭示了一些与H2A.Z富集的核小体有直接或间接相互作用的蛋白。然而免疫共沉淀结合质谱的技术策略本身也存在一定的缺陷,例如:(1)较弱的蛋白相互作用可能会漏检;(2)需要染色质生理学微环境才出现的蛋白相互作用可能无法检测到;(3)检测出的部分蛋白可能不是直接和H2A.Z结合,而是要通过染色质的其他蛋白来发挥功能;(4)一些检测出的蛋白相互作用可能只会出现在体外实验条件下而不是体内条件下。  为了对H2A.Z的相互作用蛋白进行系统的鉴定分析,我们首创了一种活体内高通量的蛋白相互作用鉴定方法:诱饵捕获蛋白相互作用测序技术(bPPI-seq)。此方法是根据融合表达在诱饵蛋白H2A.Z的GFP蛋白的N端可以和融合表达在H2A.Z相互作用蛋白的GFP蛋白的C端重构恢复绿色荧光特性,通过流式筛选进而进行高通量测序鉴定到H2A.Z相互作用蛋白的mRNA序列。运用此方法我们鉴定出了数十种H2A.Z的相互作用蛋白。我们运用蛋白片段互补技术、免疫共沉淀、ChIP-Seq等技术重点验证了筛选到的一种锌指结构转录因子Osr1与H2A.Z结合的特异性。我们还运用原核表达纯化系统进行Osr1与H2A.Z蛋白的体外截断性表达,并找到了它们的具体结合位点。另外,我们还运用SELEX技术和慢病毒干扰表达等实验对H2A.Z的相互作用蛋白Osr1的功能及作用机制进行了鉴定,结果显示Osr1蛋白水平的下调会影响H2A.Z在染色质上的沉积,特别是含有Osr1与DNA结合模体的富集区域。更重要的是,分别下调H2A.Z或Osr1的蛋白水平能调控很多共同目的基因的转录表达。这些结果说明Osr1可以直接与H2A.Z结合,并且介导它们协同对大量的目的基因行使功能并调控这些靶基因的转录表达水平。本研究的结果提示诱饵捕获蛋白相互作用测序技术(bPPI-seq)是一种可以体现真实生理学水平下的无偏差的蛋白相互作用鉴定方法,并可以进行广泛的推广应用。并且运用这种新的活体内高通量的蛋白相互作用鉴定方法,我们找到了重要的H2A.Z相互作用蛋白Osr1,并对其与H2A.Z相互作用的功能和机制进行了深入的研究,这对表观遗传学机制是有益的补充。
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