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在我国，“三农”问题已成为关系到党和国家全局性的根本问题。而农民的医疗保障问题，是实现全面建设小康社会和现代化社会的基础。因此，农民的医疗卫生问题已经远远超出了问题本身，解决农民的看病难，不仅仅是尊重农民起码的生存权的问题，更是建设公平、公正的和谐社会的必然要求。为此，中共中央、国务院于2002年出台了《关于进一步加强农村卫生工作的决定》，要求在全国逐步建立新型农村合作医疗制度，目标是到2010年在全国建立基本覆盖农村居民的新农合制度，减轻农民因疾病带来的经济负担，提高农民的健康水平。随着新型农村合作医疗制度于2008年在全国范围内全面开展，我国对新型农村合作医疗的投资的不断加大，虽然新型农村合作医疗取得了令人瞩目的成绩，但在执行过程中也暴露出较多问题。新型农村合作医疗绩效审计是针对新型农村合作医疗制度，对新型农村合作医疗制度执行过程中的效率、效果进行评价。通过对新型农村合作医疗的绩效审计，让社会大众能够了解新型农村合作医疗制度的政策目标是否实现、政策执行中还存在什么突出问题、如何进一步完善这项制度等，充分发挥了审计在保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”功能，维护民生安全。 围绕着新型农村合作医疗绩效审计这一中心问题，本文分别从新型农村医疗绩效审计的相关现实意义和理论基础、新型农村合作医疗绩效审计现状和问题、新型农村合作医疗存在的主要问题、国外农村医疗保障制度绩效审计比较研究等方面进行了多角度、多层次的研究，并针对新型农村合作医疗绩效审计中所出现的法律不具体、专业人员不足、指标体系不健全、方法方式存在不足、证据获取不充分、外部环境不完善、效果不明显、监督体制不适当等问题提出建议。 通过分析新型农村合作医疗绩效审计的现状和存在的主要问题，指出了新型农村医疗绩效审计在执行过程中亟需解决的问题。因此，本文借鉴绩效审计理论研究的现有成果，从内在条件和外部环境两个方向出发，针对新型农村合作医疗绩效审计中的问题，在我国新型农村合作医疗绩效审计在法律法规、人员配备、独立性、审计方法、审计环境等方面为完善我国新型农村合作医疗绩效审计的提出建设性意见。并且探索建立新型农村合作医疗绩效审计评价指标体系，运用SPSS统计软件，从社会效益和经济效益方面，通过对我国新型农村合作医疗绩效审计评价指标问题的研究，提出完善我国新型农村合作医疗绩效审计评价指标的建议。