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博斯腾湖曾是我国最大的内陆淡水湖,具有饮用、工农业用水、养殖、旅游、防洪以及调节气候等重要功能,是巴州地区工农业生产及人民生活的主要水源,对南疆地区乃至全疆经济发展、社会稳定起着无法替代的重要作用。近年来,博斯腾湖水生态持续恶化,湖泊处于超负荷承载状态,急需加以有效管理和控制。客观合理地评估博斯腾湖水生态健康状态,并针对主要污染物实施合理的容量总量控制研究,对于博斯腾湖水生态及环境改善具有重要意义,也可为当地管理部门提供必要的技术支持和管理依据。本文以博斯腾湖流域为研究对象,将处理系统广义不确定性问题的多级灰关联理论引入系统综合评价之中,采用多级灰关联评价方法和综合营养状态指数评价方法相结合对博斯腾湖近10年的水生态健康进行了评价,结果表明博斯腾湖水生态健康状态为中等,近10年水生态健康综合指数呈一定的下降趋势。根据2010年《第一次全国污染源普查》资料以及《巴音郭楞统计年鉴》合理估算了博斯腾湖流域污染物负荷现状排放量及入湖量。在对博斯腾湖气象资料、入湖流量资料、水质控制点污染物浓度实测资料等的收集、整理的基础上,采用MIKE21水动力、水质模块对博斯腾湖在动态水文条件下进行了水动力及水质模拟,并将模拟结果与实测资料进行率定与验证。将博斯腾湖周边入湖排污口概化为11个主要排污口,采用MIKE21水质模块建立了入湖排污口与水质控制点之间的响应关系,构造了响应矩阵,选用水质响应模型与线性规划法耦合估算了博斯腾湖CODMn、TN、TP、矿化度的水环境容量,各污染指标在满足水质目标条件下的最大允许入湖量分别为：3964.26t/a、420.89t/a、106.69t/a、644844.71t/a。最后构造加权综合基尼系数和环境经济效率参数的前提下,从公平性和经济最优性两个角度考虑,建立了以加权综合基尼系数值达到最小、环境经济的收益最大、污染负荷的消减费用最低的博斯腾湖污染物负荷分配多目标决策优化模型,并应用理想点法求得污染负荷分配的最优分配方法,同时根据水污染物负荷分摊结果和消减要求,对博斯腾湖流域的水环境污染防治提出了相应措施。