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香菇(Lentinula edodes)是一种具有较高食药用价值的大型真菌,其栽培起源于中国。对香菇菌株进行遗传改良是香菇产业持续发展的基础。对于受多基因控制的香菇数量性状,利用与数量性状连锁分子标记进行分子标记辅助选择,是对香菇菌株进行遗传改良的有效方法。目前,香菇遗传连锁图主要基于非特异性分子标记构建,标记还很难与基因组信息对应。本研究基于香菇LQ-15测交群体,考察了群体136个菌株的10个农艺性状,并对其中110个菌株进行转录组测序,开发SNP标记用于构建香菇高密度遗传连锁图,进行10个农艺性状的QTL定位,筛选控制农艺性状的候选基因,用于香菇品种的改良。1、进行测交群体LQ-15的栽培试验,测定包括出菇期、菇形性状、产量性状在内的10个性状的表型,并结合2012年该群体的栽培数据,对两年数据进行统计分析和BLUP校正。统计分析表明,菌盖重量、菌柄重量、单菇重、单袋菇数在两年表型数据中变异系数较大。相关性分析表明,除菌盖重量外,其余9个性状在两年间均呈极显著正相关;10个农艺性状中,菇形性状两两间呈极显著正相关,产量性状中单袋菇数与单菇重、单袋产量分别呈极显著负相关和正相关。方差分析表明,基因型、年份、基因型与年份的互作对性状表型影响均达到极显著水平。2、对作图群体LQ-15的110个菌株的成熟子实体进行转录组测序,基于12083个SNP标记,构建了1张香菇高密度遗传连锁图。图谱全长1039.37 cM(27.65Mb),包含11个连锁群和671个bins,平均图距0.11 cM,bin间平均距离为1.58 cM。12083个SNP标记位于337个scaffold上。3、利用香菇高密度遗传连锁图对2016年、2012年、BLUP校正三组农艺性状表型数据进行QTL定位。使用复合区间作图(CIM)共检测到控制10个性状的63个QTLs,分布于8个连锁群,QTLs分布不均,多聚集于LG01、LG02、LG03、LG06。各个性状定位到的QTLs数目介于4-9之间,贡献率>15%的位点有9个。76%的QTL位点呈簇分布,共鉴定9个QTLs热点区域。控制表型相关性状QTL的成簇分布,表明这些QTL可能是一因多效或紧密连锁的位点,QTL共位性是性状表型相关的遗传基础。4、对基因表达量和表型值进行相关性分析,筛选候选基因。共鉴定到577个基因与10个性状相关,其中有153个基因同时控制多个性状。37个候选基因被2个以上QTL重复检测到。对候选基因进行功能注释,鉴定到与编码糖苷水解酶、己糖转运蛋白、跨膜蛋白、蛋白激酶等基因同源的候选基因,可能调控香菇农艺性状。