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目的：本研究旨在利用基因芯片技术探讨热性中药附子、干姜,寒性中药黄连、大黄对大鼠肝全基因表达谱的影响,以期从全基因组水平解析热性及寒性中药药性作用机制,探讨寒热中药属性界定的可能依据和中药药性理论研究的思路与方法。方法：SPF级Wistar雄性大鼠,50只,随机分为附子组、干姜组、黄连组、大黄组和空白对照组,各中药组分别灌胃附子水煎浓缩液1ml(含生药0.675g)/100g,干姜水煎浓缩液1ml(含生药0.405g)/100g,黄连水煎浓缩液1ml(含生药0.225g)/100g,大黄水煎浓缩液1ml(含生药1.35g)/100g,对照组予等容量生理盐水。1次/日,连续给药20天。给药20天后,提取肝组织总RNA,应用Illumina公司RatRef-12基因芯片检测各组大鼠肝脏基因表达,筛选差异表达基因,进行基因聚类分析和功能分类注释。并选择部分差异基因进行荧光实时定量PCR实验验证芯片结果的准确性。结果：附子组与正常组比较有592条基因差异表达,按照Gene Ontology (GO)分类标准进行基因功能注释,查询到48项显著性基因功能,主要涉及代谢过程、催化活性、免疫反应、磷酸盐运输等7个GO功能亚类,代谢过程为最显著性基因功能亚类。干姜组与正常组比较有1189条基因差异表达,查询到98项显著性基因功能,主要涉及代谢过程、免疫反应、催化活性、结合活性等8个GO功能亚类,代谢过程为最显著性基因功能亚类。附子、干姜热性中药组与正常组比较筛选出337条共同差异基因,查询到60项显著性基因功能,主要涉及代谢过程、免疫反应、催化活性、离子转运等7个GO功能亚类,代谢过程为最显著性基因功能亚类。黄连组与正常组比较有399条基因差异表达,查询到44项显著性基因功能,主要涉及防御反应、趋化、代谢过程、免疫反应等7个GO功能亚类,防御反应为最显著性基因功能亚类。大黄组与正常组比较有398条基因差异表达,查询到32项显著性基因功能,主要涉及免疫系统过程、代谢过程、防御反应、催化活性等6个GO功能亚类,免疫过程、代谢过程为较显著性基因功能亚类。黄连、大黄寒性中药组与正常组比较有141条共同差异表达基因,查询到13项显著性基因功能,主要涉及铁离子结合、有机酸代谢和应答外部刺激3个GO功能亚类。结论：热性中药可通过调控机体代谢及催化活性相关基因的表达,影响糖、脂类和氨基酸代谢过程,促进生物体内能量的产生、贮存和利用；通过调控免疫相关基因的表达,发挥一定的免疫调节作用,这可能是温热性中药“温阳散寒”、临床用于寒证治疗的主要分子机制,可以作为热性中药药性界定的参考依据之一。寒性中药主要通过调控应答刺激、廿碳不饱和脂肪酸代谢、细胞凋亡及免疫反应相关基因的表达,发挥一定的抗炎、抗菌、调控细胞凋亡等作用,降低机体功能的病理性亢进,增强机体的防御和应答功能,这可能是寒性中药“清热泻火”、临床用治热证的主要分子机制,可以作为寒性中药药性界定的参考依据之一。