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水稻籼粳杂种F1具有强大的生物学优势，但是多数杂种F1存在育性偏低，影响其杂种优势的发挥。胚囊不育是引起籼粳杂种F1育性偏低的一个重要因素。S5座位的S5i和S5j互作是引起籼粳杂种F1胚囊产生部分不育最主要原因之一。S5座位存在S5n可以克服该座位的胚囊不育。目前S5n已被成功被克隆，使该领域的研究大大推进一步。野生稻具有丰富的遗传多样性，本室之前以S5n序列为基础，设计了S5n功能性标记，在普通野生稻中发掘出18份携带有S5n新种质。本文拟在此基础上，一是进一步利用S5n功能性标记对分布在我国广东、广西、湖南、海南和江西省等地，以及来源于国外的不同类型野生稻进行检测，发掘携带有S5n的新种质；二是对发掘出携带有S5n的新种质对S5n进行全序列测定，研究S5n的分化情况；三是选择部分不具S5n的代表性野生稻，对非S5n的全序列进行测定，研究其在野生稻的分化情况，并与S5n进行比较，找出差异位点。主要研究结果如下：
(1)野生稻中携带有S5n新种质的发掘。通过本室建立的“基于功能性标记和测序”的方法，对不同类型共619份野生稻进行检测和分析，发掘出14份携带有S5n的新种质，它们是：YLW002、YLW004、YLW005、YLW006、DXW051、DXW062、CHW001、SXW025、SXW027、IRW644、IRW466、IRW494、IRW501和IRW496。其中4份来自广西玉林、2份来自江西东乡、1份来自广东从化、2份来自广东遂溪。IRW644、IRW466、IRW494、IRW501和IRW496是来自国外的尼瓦拉野生稻。除了这5份尼瓦拉野生稻外，其它9份材料在S5座位都是杂合基因型，即S5nS5i或者S5nS5j。
(2)野生稻S5n全序列测定及分析。选用22份携带有S5n的不同类型野生稻，对其S5n的全序列进行测定。通过序列校正、拼接和比对发现，S5n全序列具有2361bp，含有3个外显子和2个内含子；四种碱基平均含量的比例依次是：全序列中为C＞T＞G＞A，外显子中为C＞G＞T＞A，内含子中为T＞A＞C＞G。S5n全序列上共发现多态位点11个，其中简约信息位点6个，分别位于第281、978、1255、1384、1848、1946位点上，单碱基变异位点3个，分别位于第1386、1688和2139位点上，没有插入；全序列中共有7处转换、3处颠换和5处缺失，转换与颠换之比为7:3，说明野生稻S5n基因序列变异中存在转换偏倚现象；通过对6个居群野生稻S5n进行多态性分析，编码区的核苷酸多态性最高(0.00082)，其次是内含子区域为0.00077，最低是整个区域的。三者间差异均不显著。群体间基因平衡进化检验结果显示，野生稻检测值TajimaD、Fu and LiD均不显著，说明S5n基因是中性进化基因，不受选择作用；尼瓦拉野生稻IRW501由于在第二外显子连续缺失10个碱基，使翻译蛋白无法正常进行下去，所以只编码了314个氨基酸，比02428少了43个氨基酸。利用NJ法对S5n序列和及其翻译的氨基酸序列构建系统进化树，聚类结果基本一致，其中多数情况是同一居群的材料聚在一类。
(3)野生稻中S5i、S5j全序列测序及分析。对9个居群共61份普通野生稻进行序列测定和分析发现：四种碱基含量在全序列中依次为C＞T＞G＞A，外显子为C＞G＞T＞A，内含子为T＞A＞C＞G；序列全长2494bp，也同样含有3个外显子和2个内含子；全序列中共发现多态位点13个，其中单碱基突变位点有一个位于525bp处，简约信息位点12个，分别是450bp、1023bp、1048bp、1088bp、1307bp、1391bp、1984bp、2060bp、2061bp、2078bp、2169bp和2255bp;有7处转换、5处颠换、两处缺失和一处插入，转换与颠换之比为1.4:1，说明普通野生稻S5i、S5j存在转换偏倚现象，与S5n一样；S5i、S5j共编码357个氨基酸。值得指出的是，琼海普通野生稻中有6份材料虽然在外显子1缺失9个碱基，但由于缺失不在编码区，所以编码的氨基酸序列与南京11的一样。其他材料编码的氨基酸序列与南京11相比只是个别氨基酸发生了变化，没有太大的差异，多数碱基突变是无义突变。以遗传核苷酸多样性指数π为参数比较，佛冈普通野生稻的多样性最低，为0.00010；琼海普通野生稻的多样性最高，为0.00130。群体间基因平衡进化检验结果显示，普通野生稻S5i、S5j检测值TajimaD、Fu and Li’D*和Fu and Li＇F均不显著。利用NJ法对S5i、S5j序列和及其翻译的氨基酸序列构建系统进化树，所得的结果基本一致。