应用全基因组小调控RNA文库筛选乳腺癌耐药细胞株及其耐药调控机制研究

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目的:乳腺癌是女性中发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,乳腺癌耐药仍是临床治疗中面临的棘手难题。人表皮生长因子受体2(Human Epidermalgrowth Factor Receptor-2,HER2)基因在20-30%乳腺癌病人中呈现高水平表达,其表达水平与乳腺癌不良预后存在高度相关。拉帕替尼(Laptinib)是靶向HER2的乳腺癌主要治疗药物之一,但Laptinib临床耐药严重,影响其治疗效果。大量文献研究表明:小调控RNA(short regulatory RNA,srRNA)在肿瘤细胞耐药中起重要调控作用。为此,我们拟构建全基因组的srRNA文库,并通过该文库快速获得Laptinib耐药的细胞模型,并据此探索HER2阳性乳腺癌Laptinib耐药分子机制,以期寻找干预靶点。  方法:以逆转录病毒骨架pSOKD质粒为载体,利用 U6/H1双启动子精确控制系统,在两启动子中间将19个随机碱(N19)基采用Gibson Assembly方法组装构建srRNA文库。该文库经过逆转录病毒包装、感染HER2基因高表达的人SKBR3乳腺癌细胞,再通过药物筛选即可建立耐 Laptinib的乳腺癌细胞株。以此细胞株为基础,通过高通量测序分析耐药细胞富集的N19片段,并利用RNA-seq分析耐药细胞差异基因,同时探寻srRNA和乳腺癌细胞耐药的调控机制。  结果:通过Gibson Assembly高效重组方式成功地构建了富含2x107个 srRNA的大样本文库,并且利用该文库,我们快速地筛选出耐Laptinib的乳腺癌细胞株(SKBR3LN19)。通过提取并扩增该细胞株的基因组DNA,我们成功地获得N19富集片段;再构建各个单片段的稳定细胞株,进行耐药验证,筛选出5个能够显著调节 Laptinib耐药的单片段(LTR1,LTR3,LTR6,LTR8, LTR10)。最后,通过RNA-seq分析,我们寻找到821个介导SKBR3LN19耐药的失调基因(上调450个,下调371个),KEGG信号通路富集分析显示这些差异表达基因主要参与细胞能量代谢信号通路。  结论:本研究以HER2强阳性SKBR3人乳腺癌细胞为模型,通过导入srRNA文库、药物快速筛选、高通量测序、靶基因生物信息分析等手段,筛选出5个调节 Laptinib耐药的单片段,821个介导SKBR3LN19耐药的失调基因,并且,这些失调基因参与的主要信号通路为细胞能量代谢。本项目研究结果有望阐明 Laptinib乳腺癌耐药机制,为Laptinib耐药的乳腺癌寻找治疗新方法。
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