牛RXRα基因组织表达、多态性及其与生长性状关联分析

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维甲酸X受体(RXR)α是核激素受体超家族成员中一个不可缺少的成员,能够介导一些激素、维生素的生物效应,主要调节脂肪,葡萄糖和能量代谢。本研究以RXRα基因为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法检测其在3头郏县红牛(JX)组织中的表达谱;采用混合DNA池测序、PCR-RFLP技术对RXRα基因在郏县红牛、南阳牛、鲁西牛、渤海黑牛、秦川牛和高原牦牛6个群体中共413个个体的遗传多态性进行检测,并分析了遗传变异与其生长性状的相关性,旨在探索RXRα基因对牛生长发育性状的影响,试图寻找影响牛经济性状的主效基因,为我国地方黄牛的遗传改良提供一定的理论依据,研究结果如下:  1.RXRα基因在郏县红牛组织中的表达谱  RXRα基因在脂肪组织和脾脏中高度表达;RXRα基因在郏县红牛心脏、肝脏、肺脏、肾脏、肌肉、睾丸组织中微量表达;在瘤胃和小肠组织中不表达。  2.牛RXRα基因群体遗传样性分析  在上述6个牛群体上对RXRα基因进行遗传多态性检测,在编码区共检测到4个SNPs:T12856A、G24539A、T28139C和G28142A,非编码区检测到1个SNPs: T27919A。其中3个错义突变,和1个同义突变。G24539A位点属于丙氨酸>苏氨酸的错义突变;位点T28139C属于缬氨酸突变成丙氨酸的错义突变,位点G28142A属于精氨酸突变为赖氨酸的错义突变。T12856A,G24539A和G28142A位点在郏县红牛群体中呈现低度多态,在渤海黑牛和南阳牛群体中均属于中度多态;位点T27919A和G24539A在鲁西牛群体中呈现低度多态,T28139C在南阳牛和秦川牛中处于低度多态。  连锁不平衡分析表明,在黄牛群体中,T12856A与G24539A、T12856A与T28139C、T12856A与G28142A、T27919A与T28139C位点以及T27919A与G28142A之间都处于强连锁状态(r2>0.33),而T12856A与T27919A、G24539A与T27919A、G24539A与T28139C、G24539A与G28142A、T28139C与G28142A之间均为弱连锁(r2<0.33)。  3.牛RXRα基因多态位点与生长性状的关联分析  单一位点与性状之间的关联分析表明,在鲁西牛群体中,T12856A位点与腹围和腰角宽指标显著相关(P<0.05),TA型个体显著高于TT型个体。G24539A位点与腹围、体重和胸围显著相关(P<0.05),GA型个体显著高于AA型个体。T27919A位点与腹围显著相关(P<0.05),TA型个体显著高于AA型个体。T28139C位点与体重和胸围显著相关(P<0.05),TC型个体高于CC型个体。G28142A位点与腹围显著相关(P<0.05),AA型个体高于GG型个体。在郏县红牛群体中,T12856A位点与体高、胸围、坐骨端宽指标显著相关(P<0.05),AA型个体显著高于TT型个体。G24539A位点与体斜长、腹围和十字部高显著相关(P<0.05),GA基因型个体大于GG基因型个体。T27919A位点与体斜长和体重显著相关(P<0.05),AA基因型个体大于TT基因型个体。T28139C位点与腹围显著相关(P<0.05),TC型个体高于TT型个体。G28142A位点与胸围显著相关(P<0.05),GG型个体的显著高于AA型个体。
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