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党的十七大报告明确提出，要加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的大部门体制，健全部门间协调配合机制。实行大部门体制的改革将成为未来一段时间我国行政管理体制改革的重要内容，但与大部门制改革应当同行的政府部门间的协调配合机制建设如何进行尚需进一步探讨。本文主要内容如下：
第一部分，我国政府运作中部门间协调现状。近年来我国针对政府部门间协调问题，做了不少努力，但其仍然是我国政府运作的难题。跨边界公共事务的存在和增加与政府部门存在专业分工是部门间协调的主要原因。且我国的现状是，部门职能不清、部门利益冲突导致部门间协调困境；部门间协调的相关法律制度的缺失以及协调机制的不完善，致使部门间协调合作无序、部门整体绩效低下等问题更加突出。
第二部分，我国政府部门间协调的理论基础。主要从协同学理论、结构功能主义理论、组织间网络理论等三个视角研究政府部门间协调合作的理论基础。
第三部分，西方政府部门间协调的的实践与经验。西方政府部门间的协调合作有着丰富的经验，它们的一些做法对于我国政府部门间协调措施的完善具有启示意义。
第四部分，完善我国政府部门间协调的建议。针对我国政府部门间协调合作的现状和问题，在理论支撑的基础上，借鉴国外的经验，针对动态的行政管理过程，采取适当的协调模式，以决策协调、执法协调、监督协调为基本逻辑结构，以联席会议制度和行政协议制度、行政协助制度、信息共享制度等具体制度相配套，建立和完善部门间协调机制，以有效实现跨政府部门的共同目标。同时要健全相关法规，为部门间协调机制提供良好制度环境；要科学界定政府职能，继续深化大部制改革，以巩固部门间协调机制的组织结构基础。