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我国高新技术产业开发区自诞生以来,在推动国家高新技术及其产业进步,促进经济社会发展方面起到了至关重要的作用。经过十几年的快速发展,高新区现已成为我国区域经济发展中最为重要的增长极,进一步提升高新区的可持续发展能力和竞争力成为区域发展重的重要议题。高新区创新系统作为推动高新区创新发展的“引擎”,对打造高新区核心竞争力,实现高新区跨越发展具有重要意义。本文首先对高新技术及高新技术产业等相关概念进行了界定,在明确概念的基础上分别回顾了国外及中国高新技术产业开发区的发展历程,并重点介绍了我国国家高新区的发展近况;分析高新区同国家创新系统的关系并将本文的研究重点定位于高新区创新系统之上。其次,对我国高新区创新系统的形成和运行机制进行了研究。分析高新区各行为主体在创新系统中的功能和定位,依此划分高新区创新系统的技术创新、辅助支撑和外部环境三层网络,构建高新区创新系统的结构模型;进一步分析我国高新区创新系统的运行机制,分析了我国高新区创新系统运行的市场调节机制、政府调节机制和协作创新机制,并提出高新区创新系统的创新动力增强机制;在前文理论研究基础上分析合肥高新区创新系统的结构和运行状况,指出其在结构和运行机制上存在的问题,并提出解决问题的建议;然后本文对高新区创新体系创新绩效评价进行了深入研究。在大量相关指标体系研究的基础之上,从创新投入与创新产出角度选取我国高新区创新绩效评价指标;选取数据包络分析法作为本文高新区创新绩效的评价方法,建立了高新区创新绩效评价的C2R模型;选择中部九个国家级高新区为研究对象进行高新区创新绩效实证分析,结合评价结果分析中部国家级高新区创新绩效现状和不足,给出优化中部国家级高新区创新绩效的对策。最后,在结论部分总结了本文的主要观点。