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目前，高等教育正在发生重大的变化，大学已经从社会的边缘走向社会的中心，大学将通过知识的创新更多地参与社会发展。科学技术飞速发展，学术组织变化迅速，高等教育内部也正在不断改革，学院制的实施，使得高校内部管理体制和内部的行政管理关系发生着十分重大的变化，过去的行政管理模式已经受到巨大的挑战。加快构建大学学院制中学术权力与行政权力并重的权力结构模式，已成为事关大学未来发展全局的急需解决的重大问题。 本篇论文详细论述了学院制管理模式中的学术权力与行政权力，阐述了其内涵及相关学术术语的概念和特点，叙述了学术权力与行政权力在我国学院制管理模式中的现状，并找出了其存在的问题，分析了学术权力与行政权力存在的矛盾及失衡的原因。同时，借鉴国外发达国家先进的高等学校管理经验，提出了学术权力与行政权力整合的理由和应遵循的原则，以促进我国高校学院制管理模式中学术权力与行政权力的有效整合，在此基础上笔者构建出了一种供高校改革者参考的建立在学术权力与行政权力协调基础上的适合我国高校发展趋势的整合模式，并针对此模式提出了几点具体可行的建议，以进一步完善高校学院制改革，达到促使我国高等教育、高等学校健康、快速、有序发展的目的。