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肠道病毒71型(Enterovirus71，EV71)是一种小型的活跃的RNA病毒，属于小核糖核酸病毒科肠道病毒属，主要感染婴幼儿导致手足口病，并有几率发展为中枢神经系统感染、无菌性脑膜炎甚至致命性脑膜炎。目前临床上没有针对性的、治疗效果明显的、获得审批的疫苗或抗病毒药物。
EV71编码的3C蛋白酶是一种特异性内切酶，在病毒的复制过程扮演不可或缺的角色。3C蛋白酶的晶体结构显示其催化水解中心由组氨酸40(His40)，谷氨酸71(Glu71)和半胱氨酸147(Cys147)组成。本课题以EV71病毒3C蛋白酶为靶点，设计并合成了具有相同骨架结构的一系列拟肽类酶抑制剂，并对它们进行了生物活性评价。本课题着重点在于对抑制剂P3位基团的研究，结果显示P3位基团的改变与目标化合物的抑制活性密切相关。基于生物活性结果，本课题初步建立了EV71病毒3C蛋白酶抑制剂的构效关系(structure-activity-relationship，SAR):此类3C蛋白酶靶向抑制剂的P3位点苯环上取代基类型、取代基数目、取代位点、P3位基团脂肪链长度对其抑制EV71病毒的效果有很大的影响。这些研究成果对继续寻找具有高效抑制活性的抗EV71化合物提供了坚实的基础，同时为研究小分子与生物蛋白大分子之间的作用模式及相互关系提供了可靠的依据。