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在专利侵权纠纷中,被告往往提出无效宣告请求,导致专利侵权纠纷与专利确权纠纷常常纠缠在一起。常常带来如下问题:一是专利侵权纠纷因等待专利确权结果而久拖不决,二是专利侵权纠纷和专利确权纠纷结果出现冲突。不仅耽误专利权人对专利的运营,也干扰了被控侵权人的正常经营,还浪费了行政和司法资源。本文首先从具体案例进行分析,总结现实中专利侵权纠纷中存在的各种问题,然后从制度层面分析问题背后的深层次原因,一是由于我国实行专利侵权纠纷和确权纠纷解决机制双轨制。确权程序由行政机关专利复审委员会审查,侵权诉讼由部分基层和中级人民法院管辖,二元分立,各司其职。虽然利于实现公正,但效率不高。二是,我国专利侵权纠纷和专利确权纠纷解决机制不协调,具体包括审查标准不统一,审理结果不统一;三是,现有的协调机制不能有效解决案件久拖不决、审理结果不公正的问题。接着,考察美国、德国、日本的专利侵权与确权纠纷解决机制。美国一开始就确立了由法院一并审理专利侵权和确权案件的制度,然而效果不佳,多次对通过美国专利商标局审理专利有效性的机制进行了改革,美国专利商标局的专利有效性复审程序与侵权纠纷中的有效性审理程序的衔接机制较为复杂。德国、日本和我国都是二元分立体制,各有特色,诸多经验,可以借鉴学习。最后,联系我国的实际情况和远期规划,宏观布局,细致分析。短期来说,可以通过设立专利无效宣告结果的及时公告制度,解决案件久拖不决的问题,同时建议赋予法院引入当然无效抗辩制度,赋予法院在被告提出较充分的无效证据时有限的专利权有效性审查权,并通过加强复审委员会与法院的沟通机制防止出现不公正的审理结果,由复审委员会派员或远程参与在法院提出当然无效抗辩的专利侵权诉讼,打击问题专利、提升专利质量,有效解决纠纷。长期来说,建议建设知识产权上诉法院统一管辖专利确权和专利侵权二审案件,实现审理标准和结果的统一。