论文部分内容阅读
本文利用分子力学和分子动力学方法,对三种蛋白体系进行了三维结构预测和分子对接的理论研究。主要内容包括:1.利用同源模建及分子动力学模拟,构建了酯酶Pir7b的空间三维结构,通过Pir7b与活性底物及非活性底物的对接研究,揭示了Pir7b底物基团专一性的原因,并预测一些实验上还未确定,但与底物结合及催化过程中起重要作用的氨基酸残基。2.通过同源模建和分子动力学模拟,构建了脂肪酶sqEH的空间三维结构。通过序列比对分析,推测出sqEH的催化三联体。进一步对三类环氧化物底物的对接研究表明,sqEH仅能有效的催化芳香类和脂肪类环氧化物,并对R型对映体表现出严格的特异性。3.通过同源模建和分子动力学模拟,构建了单链抗体scFv2F3的三维结构。经过对活性部位的表面分析,讨论了Ser52作为化学修饰活性位点的重要性,并利用突变得到具有谷胱甘肽过氧化物酶活性的抗体酶Se-scFv2F3的近似物Cys-scFv2F3。通过对Cys52临近残基进行突变,引入一个能增强抗体酶催化活性的催化三联体。进一步对Cys52的解离度计算表明,引入的催化三联体能较好的增强Cys52的解离度,提高其亲核进攻能力,为设计更具催化效力的新型抗体酶提供可靠的理论依据。