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本文主要以实证分析为主，遵循微观机理与宏观影响相结合、短期与长期、静态和动态相结合的原则，研究了农业结构调整中的新疆棉花产业成长问题。以区域分工和专业化为基础对新疆棉花产业的比较优势和竞争力分析为出发点，剖析了农业结构调整中新疆棉花产业成长特征及其发展态势，从微观层面上对新疆棉花产业发展中存在的问题和影响新疆棉花产业发展因素进行理论分析和实证研究，最后利用数据分析方法对新疆棉花产业成长效率进行了评价。主要结论如下：一、从区域分工和专业化的视角来研究农业结构调整中区域特色农业的发展，对发挥区域比较优势，增加农民收入有重要的指导意义。
二、区域分工专业化与新疆棉花产业发展的相关性分析结果表明，新疆植棉业的发展已表现出理性发展的态势。
三、农业结构的调整是在理性的农民和政府之间的反复博弈中展开的，农户对生产结构的选择，很大程度上取决于市场与组织的成熟程度，通过回归分析结果表明，反映市场发育程度的市场化指数每提高1％，农户人均收入将提高0.365个百分点。
四、利用数据分析对新疆棉花生产效率评价的实证结果表明，自上世纪九十年代以来，新疆农业综合生产率也呈下降趋势；从要素贡献率来看，对新疆棉花生产增长作用最大的是土地，其贡献率为47.61％，科技进步的贡献率为24.23％；对区域间效率比较分析发现；南疆棉区喀什和阿克苏地区的技术进步率高于北疆、东疆棉区，新疆兵团的技术效率和规模效率增长处于领先地位；克孜勒苏州和和田地区的全要素生产率指数和技术进步率变化在新疆棉区中最低，这也是新疆农民收入最低的区域，这在一定程度上表明农业生产率与农民收入之间有着一定的相关性；资源配置相对无效的地区，都处于规模报酬递增阶段，这表明进一步加大要素投入扩大棉农生产经营规模，增加棉花生产要素的投入，可以提高棉花生产的边际产出；农业科研投资不足、农业技术供求体制不畅以及农民素质较低等因素是影响新疆棉花生产技术进步和生产效率的重要因素。