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牡丹为异花授粉植物,自交结实率很低,这一特性为人工选择和自然选择提供了丰富的变异来源。经过长期的驯化栽培,不仅形成了类型多样的品种,而且品种间的亲缘关系也较为复杂。因此在遗传上进行分类鉴定和亲缘关系的探讨不仅对揭示物种的演化有重要意义,而且有利于指导牡丹新品种选育及传统品种的保护等工作。本实验采用AFLP (Amplified Fragment Length PolymorpHism)技术对28个牡丹品种进行分子水平的亲缘关系及遗传多样性研究。首先采用改良的CTAB法从牡丹幼叶中提取到了高质量的基因组DNA,用于AFLP的双酶切,酶切完全；然后对牡丹AFLP选择性扩增体系进行优化,建立最佳反应体系,筛选出适合牡丹AFLP分析的引物组合进行扩增。最后,对样品的AFLP图谱及数据进行统计分析,结果如下：1.本实验采用改良的CTAB法从牡丹幼叶中提取基因组DNA,产率很高,OD260／OD280为1.8～2.0之间；经过去RNA处理后,用琼脂糖凝胶电泳检测,主带清晰、DNA纯度高、没有降解、不含酶反应抑制剂,可被MseI和EcoRI两种限制性内切酶完全消化。2.对牡丹酶切及选择性扩增体系进行优化,获得了最佳反应体系,酶切时最适温度为37℃,限制性内切酶用量为3U,酶切时间为3h；选择性扩增最优体系为：预扩增产物2μl, E-primer 0.5μl, M-primer 0.5μl, Taq酶0.25μl, MgCl2 1.2μl, dNTPs 1.6μl,10×Buffer 2μl, ddH2O 11.9μl.3.采用优化后体系,对64对AFLP引物组合进行筛选,经过3次重复,筛选出了6对扩增条带多、多态性高的引物组合。4.利用筛选出的6对选择性扩增引物组合,对28个牡丹品种进行了AFLP研究。6对引物共扩增出谱带2562条(100-750bp之间),其中2142条具有多态性,占83.61%。多态性谱带最多的组合为E-AAC/M-CTA(88.19%),最低的为E-AAC/M-CAg(73.42%),平均每对引物扩增427条带,其中357条具有多态性。5.采用UPGMA聚类,将28份材料聚为两大类,由聚类结果发现,多数来源地相同的品种表现出较为密切的亲缘关系；在产地来源相同的情况下,多数株型相同或相近的品种,及花色相同或相近的品种先聚在一起,但也有交叉现象出现；易受环境影响的表型性状如花期和花型对聚类结果的影响不明显。