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微生物是包括细菌、病毒、真菌以及一些小型原生动物等在内的一大类生物群体，它个体微小，却与人类生活密切相关。随着现代分子生物学的快速发展及生物医学水平的提高，人们逐渐了解到是遗传信息决定了生物体的生命特征，包括外部形态、生命活动等，而基因组是这些遗传信息的携带者。因此全基因组序列的研究将大大有助于揭示生命的本质和探索生命的起源。微生物全基因组测序对于认识微生物的生物学特征，研究病原体微生物的遗传变异、毒力基因和致病性等具有重要意义。本研究基于Ion Torrent高通量测序技术，探索了获得纯培养微生物全基因组序列的方法。革兰氏染色法把细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌两大类，这两类菌的细胞壁厚度及成分不同，因此破壁方法不同，革兰氏阳性菌细胞壁比较厚，成分比较复杂，在破壁过程中需要加入溶菌酶。经过多次探索我们找到了一种同时适用于两种细菌的快速简单的试剂盒，并对其进行了优化，用该试剂盒分别提取了34株革兰氏阳性菌，7株革兰氏阴性菌的基因组，之后，用鸟枪法及mate-pair方法建库并用Ion PGM进行测序，最后用Newbler软件进行拼接、组装，得到细菌全基因组序列，进行RAST注释，序列比对等生物信息学分析。由于抗生素的滥用，致病菌耐药性越来越严重，细菌性疾病对人类健康造成极大威胁，噬菌体制剂作为一种新的治疗手段倍受人们关注，而且随着测序技术的不断迅速发展，越来越多的噬菌体被测序，使得噬菌体在分子生物学研究进程中扮演着越来越重要的角色，我们采用蛋白酶K/SDS方法分别提取了27株噬菌体基因组，然后进行了Ion Torrent文库构建及上机测序，最后测序数据用软件进行拼接，得到了噬菌体全基因组序列并注释。动物病毒是指感染动物和人类细胞并在其中进行繁殖的病毒。我们以11株禽流感病毒（RNA病毒）和1株腺病毒（DNA病毒）为对象，研究动物病毒全基因组深度测序的方法，首先，分别将其细胞培养液离心，过滤去除宿主细胞，DNase和RNase消化去除宿主游离核酸，超滤浓缩病毒，提取核酸，然后进行一步法扩增、MDA扩增、混合引物扩增、PCR扩增等扩增方法的探索，最后将扩增产物纯化，建库，上机测序，获得全基因组序列，进行遗传进化等分析。综上所述，本研究总共测定了41株纯培养细菌的全基因组序列，包括34株革兰氏阳性细菌和7株革兰氏阴性细菌，还测定了39株纯培养病毒全基因组序列，包括27株噬菌体、11株禽流感病毒（RNA病毒）和1株腺病毒（DNA病毒）。建立了对不同类型纯培养微生物采用不同的核酸提取、文库构建方法及扩增方法，对这些微生物的全基因组测序，可以帮助人们研究这些微生物的基因多样性、遗传进化规律、致病机制、耐药基因传播规律，为微生物的利用，传染病预防控制等提供基础数据。