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当下的时代是科技迅猛发展的时代，也是宗教信仰自由的时代。作为两大思想文化的主流——科学与宗教，它们之间的关系历来是学术界关注的焦点。在众多的研究成果中，有人主张冲突论，有人主张融合论，也有人主张无关论。但是，科学与宗教的关系问题绝非如此简单。
本文首先明确概念，文中所谈的科学不是指广义的包括自然科学、人文社会科学、心理学等在内的大范畴，而是专指狭义的自然科学。文中所谈的宗教则主要指基督教。
本文主要是采用“先述后评”的方式，通过作者对科学与宗教关系问题的研究，包括“冲突论”中的三个里程碑事件，“融合论”中的查尔斯·A.库尔森、约翰·波尔金霍恩、皮埃尔·泰亚尔·德·夏尔丹、伊安·R.巴伯等人的观点，以及少数“无关论”的观点等，加上理性的哲学判断，“去粗取精，去伪存真，由此及彼，由表及里”，相对系统地阐述作者对科学与宗教关系问题的解读，并由此得出处理科学与宗教关系问题的态度、方式、方法，即“求同存异”“寻求共赢”。
本文分五章，一二章是“框架”，三四章是“批判”，第五章是能动的“意识”，由此来建构出具有灵魂的“体系”。在第一章引言中，论述了本研究的意义和国内外研究现状；在第二章中，阐述了科学与宗教关系问题提出的背景，包括历史背景和理论背景；在第三章中，陈述了科学与宗教关系史上的三个里程碑事件，通过对事件前因后果的理性分析，提出了对冲突论观点的批判；在第四章中，选取了四位有代表性的支持融合论的学者的观点，通过分析指出他们理论的不足；第五章是本文的创新，对前文冲突论和融合论进行总结分析，论述了科学与宗教在人类历史进程中各自所发挥的作用，存在哪些不同，再通过对科学与宗教关系的辩证分析，论证了二者的和谐相处与合理共存，最后提出处理科学与宗教关系问题的手段。从现实应用的角度来看，科学与宗教对人类社会的发展都有重要的作用，关键在于如何通过对科学与宗教关系的把握，来建立一个“科学—宗教关系体系”，让这个关系体系发挥更大的作用。