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以‘红富士’苹果品种×新疆红肉苹果F1群体中选出的‘红脆1号’、‘红脆2号’、‘红脆4号’、‘红脆8号’、‘红脆10号’、‘白脆1号’与‘紫红2号’功能型苹果优株为试材,以国外引进的红肉苹果‘德红脆’及苹果栽培品种‘金冠’为对照,测定了果实发育过程中类黄酮含量及生物合成相关基因表达量的变化,比较分析了几个功能型苹果果实大小、硬脆度、可溶性固形物、总酚与花青苷含量、抗氧化能力以及类黄酮含量与组分,旨在为功能型苹果育种技术体系的创建及新疆野苹果资源的利用保存提供基本资料。主要研究结果如下：1.4个功能型苹果优株与‘金帅’果实生长期类黄酮含量总体均呈下降趋势,且4个功能型苹果果实类黄酮含量均显著高于对照‘金冠’,其中在花后125d的‘紫红2号’和‘红脆1号’果实类黄酮含量最高,分别是3.13mg/g和3.00mg/g,为‘金冠’(0.77mg/g)的4.08和3.9倍。2.4个功能型苹果优株PAL等类黄酮合成相关结构基因在果实发育过程中的表达量总体上高于对照‘金帅’,4个功能型苹果优株类黄酮合成相关基因表达量存在明显差异,其中在果实发育中后期,‘红脆1号’PAL、4CL、CHS、CHI、F3H、DFR和LDOX结构基因的表达量明显高于其他株系；在果实发育后期,‘红脆1号’FLS结构基因有较高表达,而‘紫红2号’4CL、LDOX结构基因具有较高表达,且呈上调趋势。3.各参试材料间转录因子表达量存在明显差异,其中‘红脆1号’果实MYB1转录因子表达量在花后95天达到最大,随着果实的发育呈快速下调趋势；‘紫红2号’果实发育后期MYB1和BHLH33转录因子表达呈上调趋势,在花后125天达到最大值。4.果实大小、果形指数、硬脆度及可溶性固形物含量与红肉着色程度无相关性,试材间的差异无明显的规律性。新疆红肉苹果杂种一代红肉面积近1/3～1/2的‘红脆1号’和‘红脆10号’类黄酮、总酚与花青苷含量及抗氧化能力极显著地高于果肉略带红色的‘红脆8号’和‘白脆1号’及其对照‘德红脆’和‘金冠’,其中‘红脆1号’和‘红脆10号’类黄酮含量为4.4mg/g和4.32mg/g,分别是‘德红脆’、‘金冠’、‘白脆1号’和‘红脆8号’的5.1倍、2.8倍、2.4倍和1.6倍。5.从6个参试苹果品种(系)果肉中共检测出花青素3-O-半乳糖苷等20种类黄酮成分,其中从红肉面积近1/3～1/2的‘红脆1号’和‘红脆10号’均检测出15种,极显著地高于果肉略带红色的‘红脆8号’和‘白脆1号’的10种及其对照‘德红脆’和‘金冠’的8种。