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本研究以抗病高产的海岛棉品种06-146和感病品种新海14杂交，构建重组自交系群体(F2:5)107个家系为材料，采用两年两点的数据从表型水平上对产量、抗病等性状之间进行了相关分析，利用SSR分子标记技术构建了遗传连锁图谱，采用复合区间作图法（CIM）对枯萎病抗性性状进行了初步的QTL定位研究，利用这些与棉花枯萎病抗性性状相关联的分子标记进行辅助选择，进一步为分子标记辅助选择育种提供了科学依据和方法。（1）F2:5群体在Env1、Env2、Env3、Env4环境下的表型变异：在Env1、Env2、Env4个环境下：有效铃数的变异系数都为最大值，有效果枝数的变异系数次之，单铃重的变异系数为最小值；然而在Env3环境下：有效铃数的变异系数都为最大值，衣分的变异系数为最小值，其结果与其它3个环境下的值有偏差。在育种中增加有效铃数和果枝数，可提高棉花的产量；然而，有些产量性状的变异系数较小，不利于品种的选育。（2）海岛棉产量性状的相关性分析可知：产量与铃数、铃重、衣分、子指、衣指间，铃数与衣分间，铃重与子指、衣指间，衣分与衣指间，子指与衣指间的表型相关均是正值且达到显著水平；病级对始节数、始节高、果枝数、铃数、衣分、产量间的表型相关均为负值，说明枯萎病发病越严重，对海岛棉的部分农艺性状和产量性状的危害愈严重。（3）通经结果表明：海岛棉产量构成因素对产量的相对重要性为：铃数>单铃重>衣分>子指；因此，在提高品种适应性、抗逆性与单株结铃数的同时，逐步提高单铃重、衣分和子指是稳定增产的重要方面。（4）关联度分析结果表明，海岛棉的产量是一个综合性状，由许多因素如铃数、铃重、衣分、子指等组成。产量构成因素之间相互制约（铃数是制约的果枝数的主导因素，果枝数和株高是制约铃数的主导因素，子指是制约单铃重的主导因素，衣指是制约衣分的主导因素，单铃重和子指是制约衣指的主导因素，单铃重是制约子指的主导因素），改变任意一产量构成因数均可改变产量。因此，在育种选择时不能片面追求单一因素，而应优化产量构成因素的组合方式，选择最佳产量结构，追求产量潜力最大化。（5）主成分分析结果表明：第1因子主要由单铃重、衣指、子指、有效果枝数、有效铃数所决定；第2因子主要由始节高决定；第3因子主要由始节数决定；第4因子主要由衣分决定；第5因子主要由株高决定。（6）从两年两点F2:5群体试验中选择32份抗枯萎病品系，最高产量是各种产量构成因素间实现了最佳平衡的结果，考虑了品种效应、品种×地点效应和品种×年份效应3个效应值；其综合评价为最好的品系是10852、10868；其次为10840、10892；较好的品系为10826、10729、10777、10846、10832、10845、10800、10774、10750、10749、10858、10727、10740、10702；综合评价为一般的品系10816、10904、10747、10825、10902、10873、10846、10719、10726、10890、10893、10903；较差的品系是10787、10710。（7）本试验利用Mapmaker3.0和JoinMap4.0软件对具有多态性的240对SSR标记位点作连锁分析，釆用Kosambi函数，LOD值设定为3.0。初步构建了15个连锁群、本图谱包含240个多态性标记，全长3962.56cM，构建的整合遗传连图谱基因组覆盖率约79.25%，标记间平均距离16.65cM，覆盖棉花基因组的15条染色体。（8）本研究利用WinQTLCartV2.0和MapQTL5.0软件，采用复合区间作图法进行抗病性QTL定位，LOD值为3.0，共检测到12个可能的QTLs，分别位于Chr1、Chr3、Chr8、Chr12、Chr16、Chr26。在Evn1、Evn3、Evn4环境下均能检测到的QTL为qFw8-1、qFw3-1、qFw26-1、qFw1-1，集中在8、3、26、1号染色体上，该染色体为控制病级数量性状的热点区段，为极稳定的QTL，控制枯萎病的基因很可能存在于该数量性状基因座位内。