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在广泛收集文献资料的基础上，笔者通过野外调查、标本采集，对杨东山十二度水自然保护区植物区系的组成、性质进行了研究，并对保护区的珍稀濒危植物和野生植物资源进行了统计分析，提出了相关保护开发策略。本研究的主要结果如下：
1.杨东山一十二度水自然保护区现有维管植物193科687属1453种，其中蕨类植物36科72属145种，裸子植物7科9属11种，被子植物150科606属1297种。在调查中发现一新种南岭马蓝Strobilanthes austrosinensis Y. F. Deng，sp.nov.ined.，乐昌新纪录148种，其中49种为粤北新纪录。
2.杨东山一十二度水自然保护区蕨类植物优势科主要为凤尾蕨科Pteridaceae、水龙骨科Polypodiaceae、鳞毛蕨科Dryopteridaceae、蹄盖蕨科Athyriaceae、金星蕨科Thelypteridaceae等；种子植物代表科为清风藤科Sabiaceae、茶科Theaceaae、冬青科Aquifoliaceae、木兰科Magnoliaceae、山矾科Symplocaceae、忍冬科Caprifoliaceae、壳斗科Fagaceae、猕猴桃科Actinidiaceae、菝葜科Smilacaceae、樟科Lauraceae等。
3.杨东山一十二度水自然保护区植物区系以热带亚热带成分为主，蕨类植物热带亚热带分布属占蕨类植物总属数的70.83％；种子植物热带亚热带分布科占种子植物总科数的56.69％，热带亚热带分布属占总属数的56.59％。温带成分明显，蕨类植物温带分布属占蕨类植物总属数的11.11％；种子植物温带分布科占种子植物总科数19.11％，温带分布属占总属数的33.66％。
4.在与邻近国家级自然保护区植物区系的关系中，与纬度差别较小的南岭国家级自然保护区和车八岭国家级自然保护区关系较近，与两保护区的科、属、种的相似性系数都较大；与纬度差别较大的鼎湖山国家级自然保护区相对疏远。
5.杨东山一十二度水自然保护区具有珍稀濒危植物61种，分属于27科49属。属于国家林业局和农业部公布的《国家重点保护野生植物名录(第一批)》上的国家重点保护野生植物18种，其中国家I级重点保护野生植物2种，为南方红豆杉Taxus wallichiana var. mairei和伯乐树Bretschneidera sinensis，国家II级重点保护野生植物16种。
6.保护区野生植物资源种类丰富，其中药用植物791种、野生水果植物84种、淀粉及糖类植物64种、油脂植物93种、纤维植物91种、蹂料植物56种、蜜源植物114种、芳香油植物47种、土农药植物17种，大部分植物具有观赏价值，材用树种也较为丰富。