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线粒体基因组的测序和功能分析是追踪了解动物适应进化的重要途径。本研究对线粒体基因组测定并分析鲸类线粒体基因组信息，以栖息在安徽省铜陵淡水豚国家级自然保护区的长江江豚为研究对象，探讨了长江江豚线粒体基因组的适应进化，为进一步揭示长江江豚的演化历史、保护长江江豚的遗传多样性提供基础资料。 本研究通过酚-氯仿抽提实验获得了长江江豚的线粒体基因组，对其线粒体基因组的全序列进行测定（GenBankID：KP170488）。长江江豚线粒体基因组长度16385 bp，与GENBANK中其它鲸类线粒体基因组的大小相似，AT含量高于其GC含量，包含13个蛋白编码基因，2个rRNA基因（12S rRNA和16S rRNA）、22个tRNA、1个非编码区。除了8个tRNA基因（tRNAGln，tRNATyr，tRNASer，tRNAAsp，tRNAAla，tRNAAsn，tRNACys，tRNAPro，tRNAGlu）和NADH6基因位于L链上，其余均在H链上编码。长江江豚的线粒体基因组的各功能单位（除COX2基因），均与同属物种印度洋江豚和东亚江豚保持着高度的相似性，在鼠海豚科线粒体基因组系统进化树上仍聚为一枝即江豚属。长江江豚与白鳍豚的COX2基因相似度高于其他同科的物种，推测可能是长江江豚适应进化的一种表现。由于长江江豚与白鳍豚生境重叠，在长期的进化选择下二者COX2基因的差异减少。通过GENBANK数据库中50条鲸类线粒体基因组全序列，分别对比其功能单位和非编码区，鲸类线粒体基因组的结构与排列基本相同，长度不同的原因可能是由于控制区大小不同。鲸类的线粒体蛋白编码基因起始密码子略有所不同，个别物种与其他物种差别较大，可能是由于目前数据不完善，也可能与遗传进化选择相关。对鲸类科内功能单位相似性检测和差异分析发现，不同种鲸类间均有差异，但不同亚种间基本无差异，这在对长江江豚线粒体基因组的研究中也得到了验证。这些功能单位可在一定程度上验证亲缘关系，但进一步的区分需要借鉴更多其他基因数据。