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从经济发展史以及社会发展规律来看，经济增长与创新活动密不可分，创新对社会、经济的影响深入人心，几乎每一次的社会经济变革都伴随着创新的步伐，自主创新已成为我国的国家战略，创新型国家及区域创新能力的建设都是复杂的系统工程，需要完善的支持体系作为有效的保障，其中金融支持体系是极为重要的关键保障，不仅能够为创新活动提供资金支持，还能通过资源配置、信息揭示、风险控制及约束激励等众多途径对创新实现支持作用。 然而，不同地区在资源禀赋及创新环境上都存在差异，区域自主创新的支持体系能力也各有高低，区域自主创新主体融资难、创新效率低下的现象仍然存在，怎样联系区域现实及资源现状切实提高自主创新金融支持体系的效率是值得重视的课题。本文通过开展金融要素对区域自主创新投入产出效率的影响研究，希望在找出区域间差异的基础上，分析不同金融要素的支持贡献度，找出区域自主创新金融支持体系的薄弱环节，为区域自主创新的金融支持体系建设提供一定的理论指导以及启示。 本文系统梳理了金融支持区域自主创新的路径及相关理论，选取全国东中西部30个省、直辖市、自治区作为样本，在现状分析的基础上，运用数据包络(DEA)及回归分析等方法对区域创新支持体系效率进行了测算，并对金融投入因素与创新效率的关系进行了实证分析，得出以下结论:全国不同区域间自主创新投入产出效率存在比较大的差异，金融支持渠道资源中的政策性金融资本以及金融中介信贷资本对创新效率显现出显著的促进作用，资本市场金融资本对创新效率的影响却不显著。基于以上结论，结合不同区域的创新环境及金融发展问题进行了解释，并针对建设高效的自主创新金融支持体系提出了一些建议。