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生物农药是采用生防菌株或其代谢产物对农作物病虫害防治的新型农药。其具有特异性强,不污染环境,对人畜无害等优点,近些年已有很多种生防菌剂应用于田间作物病虫害的防治。然而,生防菌作为外来微生物,将其大量引入田间极有可能打破原有的环境微生态平衡,对土壤中原有微生物群落造成严重的影响。土壤中微生物群落与土壤结构的形成、污染物的降解、物质的循环等生态学过程有着密切的关系。因此,有必要对生防菌进行应用微生态风险性评估。目前关于生防菌对土壤中原有微生物群落的影响方面的报道较为少见。本研究结合传统平板计数、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、末端限制性长度多态性(T-RFLP),综合考察生防菌枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis B99-2、荧光假单胞杆菌Pseudomonas fluorescens CPF10以及哈茨木霉菌Trichoderma harzianum T4对西瓜根围土壤细菌群落以及氨氧化细菌群落的影响。并初步运用454焦磷酸测序(454pyrosequencing)的研究方法分析生防菌CPF10对西瓜根围土壤细菌群落的影响。为建立完整的生防菌应用风险性评估体系提供一定的理论和技术依据。对大棚种植西瓜根围接种生防菌,采集根围土壤进行pH值、含水量以及土壤营养物质含量的测定。结果表明3种生防菌对土壤的pH值、含水量以及碳氮等物质含量并没有造成显著性的影响。平板计数法结果说明：生防菌CPF10在植物根围定殖情况一般,接种一月后数量急剧下降,至西瓜生长结束时,其在西瓜根围的数量约为104cfu·g-1干土；3种生防菌的施用对根围土壤中可培养细菌数量的影响规律不尽相同。CPF10在接种的前2周,提高了根围土壤中可培养细菌群落的丰度,而B99-2和T4对根围土壤可培养细菌群落并没有表现出明显的影响规律。从西瓜根围土壤总DNA扩增16S rDNA相应区域,进行T-RFLP及DGGE分析,结果表明：3种生防菌对西瓜根围土壤细菌群落均产生一定的扰动。B99-2对西瓜根围细菌群落的影响作用只持续约4周时间；由于可能需要在作物根围定殖,CPF10对根围土壤细菌群落的影响在第2周才表现出来并持续约3周时间,第5周时CPF10对西瓜根围土壤细菌群落的扰动开始减小；T4对根围土壤细菌群落的影响作用较大,持续时间较久,但整体上也表现为前4-5周的影响作用明显大于后几周。另外,DGGE和T-RFLP两种方法均检测到3种生防菌对功能性氨氧化细菌群落并没有表现出明显的影响作用,可能由于AOB群落在土壤中丰度较小并且生长较慢的缘故。对于DGGE图谱中变化条带进行测序,B99-2施用对土壤中Pseudomonas、Hydrogenophaga、Saccharococcus、Brevibacterium、Enterobacter等细菌类群构成抑制作用；CPF10对Bacillus、Escherichia和Klebsiella等表现出抑制作用,对Mesorhizobium、Ochrobactrum、Sinorhizobium以及Brucella melitensis等细菌群落有一定的促进作用；生防菌T4的使用在一定程度上促进了Pseudomonas、Bacillus、Ochrobactrum以及Mesorhizobium的生长。采用高通量测序对生防菌CPF10处理的西瓜根围土壤细菌群落的变化情况进行分析。通过对16S rRNA基因V4区的扩增,平均每个样本中获得15000条序列,根据97%的相似度水平进行聚类分析。对不同的OTU按照数量进行PCA分析,结果表明根围土壤细菌群落在接种后第2周时受到影响,不同时期的Shannon指数变化也证实了CPF10在引入前期对根围土壤细菌群落产生影响。在线比对分析表明,CPF10的施用促进了土壤中一些细菌类群数量的增长,如Clostridium、Bacillus、Shinella、Sphingomonas等；对Thiobacillus、Sporosarcina、Lactococcus、Arenimonas、Steroidobacter、Anaeromyxobacter、Elizabethkingia等则表现出不同程度的抑制作用。生防菌枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis B99-2、荧光假单胞杆菌Pseudomonas fluorescens CPF10以及哈茨木霉菌Trichoderma harzianum T4具有较好的应用安全性。这3种微生物农药的使用对土壤中原有的微生物群落没有构成长期的影响作用。