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玉米品种DNA指纹数据库的构建在玉米品种纯度及真实性鉴定、品种权登记保护、区试及审定品种质量监控等方面具有重要应用价值，对理清我国玉米种质的血缘关系、杂种优势群划分、种质创新及新品种选育具有重要指导意义。为提高建库效率，本文以SSR标记为技术手段，以课题组通过分部筛选获得的一套在玉米上通用的高多态性SSR核心引物为基础，进行了SSR核心引物的优化设计与多重PCR组合以提高检测通量，并通过SSR引物尾巴序列的开发设计以降低检测成本。
本论文形成如下研究结果：
(1) 从每条染色体的长臂和短臂各取1个位点，经优化设计与多重PCR组合，软件及实验室双重评估筛选，建立了2套10重共20个作为建库用的基本核心引物，每套10重以3+3+2+2模式即两个三重和两个两重的方式组合。
(2) 除20个基本核心引物位点外，从每条染色体的长臂和短臂各取1个位点，经优化设计与多重PCR组合，软件及实验室双重评估筛选，建立了2套共20个作为建库备用的扩展核心引物，每套10个引物以2+2+2+2+2模式即五个两重的方式组合，且固定了染色体组合：染色体1+染色体3；染色体4+染色体6；染色体5+染色体9；染色体2+染色体7；染色体8+染色体10；
(3) 通过软件olig06．57设计和NCBI玉米基因数据库blast评估，反复调试，自行设计出了两条评估参数较理想的尾巴序列tk1和tk3，并在初步实验检测中获得成功。