【摘 要】
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面对复杂多样的临床信息,概念提取旨在迅速有效地从中抽取可用数据,是使用电子病历进行医学诊断的关键任务。命名实体识别方法为临床概念提取提供了途径,它依据目标实体的特点准确标记临床记录中的重要信息。在临床概念提取任务中,基于深度神经网络的命名实体识别比传统方法更具优势。国内外研究人员对临床概念提取任务做了大量研究,并取得了一定的成功,针对其研究现状进行分析,仍存在以下问题:(1)临床概念命名实体识别的
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面对复杂多样的临床信息,概念提取旨在迅速有效地从中抽取可用数据,是使用电子病历进行医学诊断的关键任务。命名实体识别方法为临床概念提取提供了途径,它依据目标实体的特点准确标记临床记录中的重要信息。在临床概念提取任务中,基于深度神经网络的命名实体识别比传统方法更具优势。国内外研究人员对临床概念提取任务做了大量研究,并取得了一定的成功,针对其研究现状进行分析,仍存在以下问题:(1)临床概念命名实体识别的模型有待改进。以往的研究中较少考虑到字符级表示方法在临床概念提取模型中的应用。由于某些医学专业术语具有不规则性和特殊性,词向量表示方法在识别临床概念时有一定缺陷,增加了命名实体识别的难度。同时缺少对临床概念提取深度神经网络优化方法的研究。许多临床概念提取研究工作仅改良了神经网络模型的结构,没有比较分析优化算法的不同。(2)缺少对命名实体识别神经网络训练加速的研究。为了提高模型识别的准确度,神经网络逐渐复杂化,训练数据逐渐扩大化,训练周期会随之增长。对于临床概念提取任务来说,节约时间显得尤为重要。在当前的临床概念提取任务中,已经有许多关于提高模型准确度的相关工作,但缺少对缩短神经网络训练时间的研究和分析。针对以上不足,本文开展深入研究,对面向临床概念提取的深度神经网络模型进行优化,具体的工作内容和创新点如下:(1)在临床概念提取任务中LSTM-CRF模型的基础上,本文进行了改进和优化。新的神经网络模型中,卷积神经网络(CNN)和双向长短期记忆网络(BLSTM)两种可选的配置用来实现字符级的表示,随后BLSTM层获取目标单词的上下文信息,条件随机场(CRF)给定约束,确保标签的规范性。在嵌入端,本文采用Glove方式训练的300维Wikipedia词向量,小写化处理导入前的训练数据,并在模型中引入Dropout技术。训练的过程使用Nadam优化方法来优化。在2010 i2b2/VA概念提取任务公开数据集上,新方法获得了更高的准确度和训练速度。(2)为了应对神经网络训练耗时长的问题,本文在GPU上重新实现对整个模型的训练。根据临床概念提取深度神经网络的结构特点,分析GPU加速的优势,通过并行计算使训练速度得到提升。对于所需计算量较大的CNN,本文将卷积运算转换为矩阵相乘,调用cuBLAS库函数,通过在线程块和线程上的两级应用达到并行化。实验中采用两种模式运行系统,分别测试深度神经网络在CPU和GPU上的训练时间。结果表明,模型的训练速度得到进一步提高。
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