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本研究利用10对多态性较高的AFLP引物，对安新、冀州、垦利和武清四个原位保护区的131份野生大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果如下： 1.利用10对AFLP引物组合对四个保护区野生大豆种群DNA进行扩增，共扩增出1440条条带，其中多态性条带1101条，多态性条带百分比为76.46％，平均每对引物可扩增出110.1条多态性条带。四个不同保护区野生大豆种群多态性条带差异不明显，多态性条带范围600-647条，安新保护区最多，冀州保护区最少，平均多态性条带为617.75条，平均多态性条带百分比为42.90%。 2.供试材料遗传相似性系数的变幅为0.566-0.926，平均遗传相似性系数0.788，表明供试野生大豆种质间遗传差异较大，遗传关系复杂。对四个不同保护区而言，武清种群遗传相似性系数变幅最大（0.577-0.897），平均遗传相似性系数最低（0.793）；其次为垦利和安新种群，平均遗传相似性系数分别为0.846和0.852，遗传相似性系数变幅分别为0.771-0.916和0.769-0.926；冀州保护区遗传相似性系数变幅最小（0.803-0.920），平均遗传相似性系数最高为（0.852）。从平均遗传相似性系数上看，四个保护区野生大豆种群存在着遗传变异，且种群间的遗传变异大于种群内的。通过对四个保护区的遗传相似性系数与地理距离分析表明，种质间遗传相似性系数与地理距离表现出相当程度的关联性，随着地理距离增大，遗传相似性系数呈缓慢下降趋势。 3.供试材料遗传距离变幅为0.145-0.934，平均遗传距离为0.451。不同保护区间以武清种群遗传距离变幅和平均遗传距离最大，分别为0.167-0.934和0.395；其次为安新和垦利种群，其平均遗传距离分别为0.318和0.312，遗传距离变幅分别为0.145-0.547和0.163-0.504；冀州保护区平均遗传距离最小为0.276，遗传距离变幅为0.147-0.408。 4.聚类分析结果表明，四个保护区野生大豆种群聚类是地理距离相近的先聚为一类，然后依地理距离远近依次聚类。以遗传相似性系数0.806为阈值，供试材料明显以保护区地理距离来分类，安新、冀州和垦利分为三类，武清保护区的种质聚类比较复杂。主坐标分析结果表明，二维和三维主坐标分析是将供试材料先按地理位置先分组，而后进一步按照遗传相似性系数大小来分组，分析结果与聚类的结果基本一致。