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越来越多的全基因组序列测序完成，随之而来的是很多新的基于全基因组的系统学方法出现，这些方法大多是整体分析比较基因组中整套或大部分的基因，比较基因的获得、丢失、转座等，已证实基于基因组方法至少在原核生物中是适用的。这些方法中包括有基因组成(Genecontent)，基因顺序(Geneorder)和组分距离法等，其中组分距离方法系统树的重建基于蛋白质组组分差异，并不需要对序列进行比对的方法。
本论文基于本实验室在寡聚核苷酸频率保守性方面研究的成果，并基于短的寡聚核苷酸具有保守性及物种差异性的假设，统计不同全基因组序列中寡聚核苷酸的频率，依据寡聚核苷酸组分变化波动构建权重矩阵，并对寡聚核苷酸组分加上权值。实验尝试基于寡聚核苷酸组分差异的方法构建系统树，以基因组全序列为对象，直接应用基因组中寡聚核苷酸组分及加上权值后的差异计算生物物种间的距离，根据距离构建系统树。本系统树构建方法的优点是基因组全部的信息都被考虑到，是真正意义上的基因组树，系统树构建是基于非比对的算法，特点是第一次应用寡聚核苷酸频率保守性加权。实验的另一部分工作是构建了194条原核生物全基因组序列，1-6长度的寡聚核苷酸频率、频数数据库。
从本实验结果来看频率差异对科以下的分类阶元的系统学研究较传统的方法有其可取之处，虽然增大了亲缘关系很近的物种的进化距离，关系很近的物种还是可以很好的聚集和其他关系远的物种分开，加上权值一般有改变，但照目前的权值来看是起到微调的作用。真核和原核用适当的频率频数也可以区分开来，但是对于科以上的分类阶元以及古细菌、细菌两超界的区分还需进一步研究。