【摘 要】
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腹毛目纤毛虫隶属于纤毛门多膜纲旋毛亚纲，是原生动物中分化比较复杂，进化比较高等的一个类群，目前依据形态学特征所做的分类系统的修订和更正有很多，目下各阶元分类地位有很
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腹毛目纤毛虫隶属于纤毛门多膜纲旋毛亚纲，是原生动物中分化比较复杂，进化比较高等的一个类群，目前依据形态学特征所做的分类系统的修订和更正有很多，目下各阶元分类地位有很多混乱，无一系统为学者普遍接纳。利用近30年来发展起来的分子系统进化分析方法来研究腹毛目目下阶元的相互关系，可望完善现有的分类系统，进一步通过与高级阶元的比较，还可望分析腹毛目纤毛虫在进化中的系统发育地位和及其与其他真核生物之间的进化关系。
本研究首次完成了这三种纤毛虫小亚基单位核糖体RNA(SSrRNA)基因全序列的测定，并首次用简并PCR的方法完成了HSP90和HSP70部分序列的测定，分别以SSrRNA核酸序列以及推断的HSP90和HSP70氨基酸序列为分子标记，采用距离法(distancemethod)、简约法和似然法对腹毛目纤毛虫进行了分子系统发育分析，并与动物、植物和真菌做比较，探讨了他们之间的进化关系。
本研究的结果表明：1)腹毛目的排毛亚目、散毛亚目、尾柱亚目和游仆虫目的分子系统进化过程和个体的形态学特征并没有一致性，相同的形态不能代表相同的进化过程，也不能简单地以形态结构的演化来推断物种的进化关系；2)原来被认为在纤毛虫中较晚分化出来的异毛目(Heterotrichina)实际上是从纤毛虫系统发育树的基部较早分化出来的；3)纤毛虫是单系起源的，且多膜纲(Polyhymenophora)和寡膜纲(Oligohymenophora)是分开的，这符合纤毛虫的传统分类系统，并且纤毛虫与顶复亚门(Apicomplexans)和腰鞭毛虫目(Dinoflagellida)共同构成单系起源的具泡进化枝(Alveolates)；4)真菌、植物和动物都是单系起源的，但是他们之间以及他们与单细胞的原生动物之间的进化关系难以确定，这主要是归因于原生动物高度的多样性和复杂性。
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